El período comprendido entre 1561 y 1600, con la excepción del gobierno de Alonso de Sotomayor (1583-1592), fue una sucesión de calamidades: continuó la guerra de Arauco; una epidemia de viruela ocasionó muchas muertes entre los indígenas que trabajaban en las minas y los campos; hubo dos grandes terremotos: el de Concepción en 1570 y el que afectó a toda la zona sur en 1575, que destruyó las ciudades ubicadas al sur del Biobío; además de los ataques de los corsarios ingleses y holandeses, entre ellos, el inglés Francis Drake, que saqueó e incendio Valparaíso.
Tanto Francisco de Villagra, como su sucesor, su primo Pedro de Villagra, murieron prematuramente. Los siguió Rodrigo de Quiroga, en cuyo gobierno se lograron algunos triunfos sobre los mapuche, pero los indios sometidos pronto murieron de viruela.
En 1567, Martín Ruiz de Gamboafundó Castro, tras apoderarse fácilmente de la isla de Chiloé (1566).
Después de Quiroga, el rey Felipe II le confió el gobierno de Chile a la recién fundada Real Audiencia, tribunal de justicia creado en 1567. Se estableció en Concepción, para controlar el conflicto de Arauco, tarea en que los letrados fallaron, por su inexperiencia en materias militares. Fueron vencidos y Concepción quedó destruida con el terremoto de 1570.
A continuación asumió por segunda vez Rodrigo de Quiroga, cuyo gobierno se vio afectado por el terremoto de 1575 -que destruyó Villarrica, La Imperial, Osorno, Valdivia y Castro-, la insurrección mapuche dirigida por el mestizo Alonso Díaz y los ataques de los corsarios ingleses.
En 1580, Martín Ruiz de Gamboa asumió como gobernador. Construyó el fuerte de Chillán y la ciudad de San Bartolomé de Chillán y Gamboa (1580), destinada a mantener la pacificación en la ribera norte del río Itata. Estableció la resistida tasa de Gamboa, que suprimía el trabajo de los indios a cambio del pago de un impuesto.
Durante el gobierno de Alonso de Sotomayor (1583-1592) se logró derrotar a las fuerzas mapuche dirigidas por Alonso Díaz y se derogó la tasa de Gamboa. Pese a que fundó algunos fuertes, como San Ildefonso de Arauco, no logró dominar la región.
El sucesor de Sotomayor fue Martín García Óñez de Loyola, quien trató de humanizar el trato a los indígenas mediante ordenanzas que fijaban obligaciones a los protectores y administradores de pueblos indios. Buscó el entendimiento pacífico con los mapuche, fundando la ciudad de Santa Cruz de Óñez en la confluencia de los ríos Biobío y Laja.
Al finalizar el siglo XVI resurgió la resistencia mapuche, dirigida por el toqui Pelantaro, que atacó por sorpresa en Curalaba (1598), donde murió el gobernador y sus hombres. Tras este triunfo, los distintos caciques reunieron a su gente para sitiar las ciudades ubicadas al sur del Biobío.
Aunque la resistencia española fue heroica, las siete ciudades construidas al sur del Biobío -Santa Cruz, Angol, Arauco, La Imperial, Villarrica, Valdivia y Osorno- fueron destruidas. Así se perdió más de la mitad del territorio ocupado; murieron más de mil soldados; fueron capturados cuatrocientas mujeres y niños españoles y mestizos.
Este desastre y el término del gobierno de García Hurtado de Mendoza son señalados como los hitos del fin de la conquista. El Chile español -el realmente conquistado- se extendía desde el río Copiapó al Biobío.
El Mestizaje
El resultado de la mezcla de los españoles con indígenas, los mestizos, son la base de la actual población chilena, más bajos que los españoles y de piel ligeramente más oscura. La multiplicación de los mestizos se originó durante los primeros tiempos de la conquista, ya que debido a la escasez de mujeres blancas, cada soldado se apropiaba del mayor número de indias que le era permitido.
Solo durante el gobierno de García Hurtado de Mendoza (1557-1561) arribaron de manera numerosa las esposas y parientas de los conquistadores. Desde la expedición de Almagro, llegaron a Chile negros traídos desde el Perú, que en calidad de esclavos eran utilizados en el servicio doméstico. Fueron relativamente numerosos hasta fines del siglo XVII. De la mezcla de negros con blancos, surgieron los mulatos, y de los indios con negros, los zambos.
El retroceso de la Conquista
El período comprendido entre 1561 y 1600, con la excepción del gobierno de Alonso de Sotomayor (1583-1592), fue una sucesión de calamidades: continuó la guerra de Arauco; una epidemia de viruela ocasionó muchos muertos entre los indios que trabajaban en las minas; hubo dos grandes terremotos: el de Concepción, en 1570, y el que destruyó las ciudades al sur del Biobío, en 1575. Además, los corsarios ingleses atacaron las costas chilenas, entre ellos Francis Drake, que saqueó e incendió Valparaíso.
Los gobernadores que sucedieron a Francisco de Villagra, Pedro de Villagra (1563-1565), Rodrigo de Quiroga (1565-1567 y 1575-1580), la Real Audiencia de Concepción y su presidente, Melchor Bravo de Saravia (1567-1575), Martín Ruiz de Gamboa (1580-1583), Alonso de Sotomayor (1583-1592) y, por último, Martín García Óñez de Loyola (1592-1598), se avocaron, fundamentalmente, a tratar de finiquitar el conflicto de Arauco, pero la suerte les fue esquiva. De hecho, a finales del siglo XVI resurgió la resistencia indígena, dirigida por los toqui Pelantaro y Anganamón, en lo que se conoce como desastre de Curalaba (23 de diciembre de 1598), donde murió el gobernador Martín García Óñez de Loyola y toda su gente. Además, las siete ciudades construidas al sur del Biobío –Santa Cruz, Angol, Concepción, La Imperial, Villarrica, Valdivia y Osorno– fueron arrasadas, murieron más de mil soldados y fueron capturados 400 mujeres y niños españoles y mestizos.
Este desastre y el término del gobierno de Hurtado de Mendoza son los hechos que marcan el fin de la Conquista. Curalaba también constituía el mayor revés para los españoles en tierra americana, ya que el terreno perdido no volvería a recuperarse, efectivamente, en los doscientos años siguientes.
