Los enfrentamientos navales
Chile solidarizó con el país vecino, evaluando la invasión de las islas Chincha como una ofensa y una agresión a la soberanía de los estados americanos. En 1864, se realizó un Congreso de Delegados Americanos para tratar el tema en Lima.
El gobierno chileno intentó resolver el conflicto de manera pacífica. No obstante, el 18 de septiembre de 1865, se recibió un documento de la Corona española. Este exigía que, como una forma de disculparse por el apoyo a Perú, se rindiera honores a la bandera española con 21 cañonazos en el puerto de Valparaíso, donde estaba apostada la flota hispana.
Sin embargo, Chile se negó y le declaró la guerra a España el 25 de septiembre.
Esta guerra se inició con el bloqueo de los puertos chilenos, desde Caldera a Talcahuano. Esto provocó una seria recesión que afectó a la marina mercante y al comercio exterior.
Por otra parte, al empezar el conflicto, los gobiernos de Bolivia, Perú, Chile y Ecuador acordaron una alianza ofensiva y defensiva.
Los enfrentamientos navales fueron favorables a Chile. La guerra en el territorio chileno concluyó con el bombardeo del puerto de Valparaíso, efectuado el 31 de marzo de 1866.
El 11 de abril de 1871, España, Chile, Perú, Bolivia y Ecuador firmaron en Washington un armisticio por un tiempo indefinido. Sólo el 12 de julio de 1883, Chile firmó un tratado de paz definitiva con España.
Combate naval de Papudo, óleo de Thomas Somerscales (Museo Histórico Nacional).
Triunfos chilenos
En el combate naval de Papudo (26 de noviembre de 1865), el comandante de la corbeta Esmeralda, Juan Williams Rebolledo, logró capturar a la goleta española Covadonga. Ante esta derrota, el almirante español José Manuel Pareja, líder de las fuerzas hispanas, se suicidó y fue reemplazado por Casto Méndez Núñez.
En los siguientes combates navales, el de Abtao (7 de febrero de 1866) y el de Huito (2 de marzo de 1866), Chile volvió a vencer.
Entonces, la escuadra española decidió bombardear el puerto de Valparaíso, pero no obtuvo el resultado esperado y zarpó hacia Perú. Se dirigió al puerto peruano de Callao, donde después de varias horas de combate, sus naves sufrieron serias averías y regresaron a España.