Nació el 2 de febrero de 1915, en Talcahuano, y fue hijo de Carlos Prats Risopatrón e Hilda González.
Vivió su infancia en su ciudad natal, donde también cursó sus estudios primarios. Continuó su enseñanza en el Liceo de Concepción, donde desarrolló su afición por la Filosofía y la Literatura.
Luego se trasladó a Santiago, para ingresar a la Escuela Militar, lo que hizo en 1931, a los 16 años. Allí realizó una brillante carrera, egresando como el mejor alumno en 1934. Ya en esa época, según señaló después en sus memorias, «había aprendido la lección de que el Ejército es una institución que no tiene derecho a usar ilegítimamente las armas -que el pueblo le entrega para la soberanía patria- contra sus propios compatriotas».
Durante sus años en la Escuela, destacó en equitación y esgrima, y también en las materias humanistas y científicas.
Siguió el curso regular en la Academia de Guerra, de la cual egresó en 1949 como mejor alumno, seguido de René Schneider. En dicho establecimiento dictó clases de Historia Militar, Estrategia y Logística. Su viaje a Estados Unidos, para asistir como alumno a la Escuela de Comando y Estado Mayor del Ejército de ese país, fue importante en su formación de estratega.
En 1957, con el grado de mayor, ocupó el puesto de jefe del Departamento Confidencial de la Subsecretaría de Guerra. Fue destinado también a cumplir misiones en el grupo de Artillería a Caballo Nº3 Velázquez. Comandó asimismo los regimientos de Talca, Santiago y Concepción. En 1964 fue designado agregado militar en Argentina.
En 1967 fue ascendido a coronel, y al año siguiente a general de brigada. En 1969 ascendió a general de División, comandando la 3a. División del Ejército. También desempeñó la tarea de jefe del Estado Mayor de la Defensa Nacional.
El escritor
En 1957, cuando era mayor y trabajaba en el Departamento Confidencial de la secretaría de Guerra, escribió un ensayo titulado Benjamín Vicuña Mackenna y las Glorias de Chile, recibiendo una mención de honor en el concurso del Memorial del Ejército de Chile, en abril de ese año. Ese texto fue reeditado en 1973.
Sus dotes literarias también lo llevaron a participar en el 8avo. Concurso de Cuentos organizado por el diario El Sur de Concepción, oportunidad en que también fue premiado y publicado su cuento Tribunal de Honor, el 9 de febrero de 1969.
En 1985 salieron a la luz pública las memorias del general, bajo el título Testimonio de un Soldado. En ese libro, más que hacer una autobiografía, Prats quiso explicar la relación entre el soldado y la democracia constitucional.
El asesinato de Schneider
El triunfo de Salvador Allende en las elecciones presidenciales de 1970, generó una serie de acciones tendientes a impedir su llegada a La Moneda.
El 22 de octubre de ese año, dos días antes de la ratificación de Allende por el Congreso Pleno, el comandante en jefe del Ejército, general René Schneider, fue baleado y tres días después murió.
El Presidente Eduardo Frei Montalva designó al general Carlos Prats González como nuevo comandante en jefe del Ejército; fue ratificado por el Presidente Allende.
Las palabras de Prats al asumir el mando pusieron de manifiesto la línea constitucionalista del alto oficial, al igual que su antecesor: «Ante el alevoso asesinato del Comandante en Jefe del Ejército de Chile que ha estremecido al país entero, los chilenos se han arrodillado para elevar sus plegarias al cielo, en un anhelo supremo de que vuelva la cordura a los espíritus y que impere la concordia ciudadana, para que no desintegremos la comunidad nacional y marchemos adelante en genuina democracia, optando por la ruta constructora del sacrificio solidario». El 2 de noviembre Prats asumió su nueva responsabilidad.
El rol de las Fuerzas Armadas
Al igual que el general Schneider, el general Prats fue un constante defensor del constitucionalismo al interior de las Fuerzas Armadas. Su doctrina señalaba que la función del Ejército es exclusivamente profesional, siendo su misión permanente la de garantizar la soberanía nacional, estándole vedado deliberar frente a las alternativas políticas.
«La disciplina y la cohesión institucional son el factor fundamental para el cumplimiento de su rol», sostenía el general.
El gabinete de Paz Social: Prats, ministro de Allende
A mediados de 1972 – en un marco de creciente inestabilidad política, social y económica – se llevó a cabo el paro de los transportistas y comerciantes, hecho que generó la formación de un gabinete militar.
El 21 de octubre el Presidente Allende se reunió con los comandantes en jefe de las Fuerzas Armadas y con el director general de Carabineros, para señalarles la necesidad de requerir la colaboración de las Fuerzas Armadas en funciones de gobierno.
El día 2 de noviembre se constituyó el gabinete militar, denominado de Paz Social, en que el general Prats asumió el Ministerio del Interior.
Durante el gobierno de Allende, el general desempeñaría también funciones de ministro de Defensa y Vicepresidente de la República.
Respecto a Allende, el general señaló: «No compartí su ideología marxista, pero lo enjuicio como uno de los gobernantes más lúcidos y osados del Chile del siglo XX y, al mismo tiempo, el más incomprendido».
Salida del gobierno y del Ejército
El ambiente político y social en 1973 era en extremo difícil. La presión para destituir al Presidente Allende, por parte de los opositores al gobierno, era inmensa. El hostigamiento a las Fuerzas Armadas, también.
Con ese telón de fondo se dio el tancazo, sublevación de una parte del Ejército (29 de junio), que sacó sus tanques a la calle. Ello hizo presagiar el golpe de Estado. El general Prats -ante la tensa situación y la aguda politización de las Fuerzas Armadas, que provocaba fraccionalismo al interior de ellas- decidió renunciar al gobierno y retirarse de la institución.
El 23 de agosto presentó su renuncia y se acogió a retiro. Después señaló que lo hizo porque «no quería quebrar al Ejército».
El viaje a Argentina
Tras el golpe militar del 11 de septiembre de 1973, y habiendo fracasado su postura constitucionalista, el día 15 de septiembre el general Prats abandonó el país rumbo a Argentina, lugar donde había sido agregado militar.
En Buenos Aires trabajó como contador público, además de escribir algunos artículos en el diario La Opinión con el seudónimo de Aristarco, el mismo nombre que usó antes para firmar sus escritos.
Esos artículos, se referían sólo a cuestiones de tipo internacional. Allí también se dedicó a terminar sus memorias, las que no alcanzaría a ver publicadas.
Atentado en Buenos Aires
En 1974, enmarcada dentro de la Operación Cóndor, se produjo la muerte del general Carlos Prats y de su esposa, Sofía Cuthbert, quienes fueron víctimas de un atentado.
A las 00.50 hrs. del 30 de septiembre, el general Carlos Prats regresaba de una cena en casa de Ramón Huidobro, ex embajador de Chile en Argentina. Acompañado de su esposa, con quien llevaba 30 años de matrimonio y tenía tres hijas, llegó a su domicilio en el barrio de Palermo. Al bajar de su automóvil y tras una balacera, se sintió una gran explosión que acabó con la vida del matrimonio Prats-Cuthbert.