Nacido en Talavera, España, hacia 1508, Francisco de Aguirre fue hijo de Hernando de la Rúa y Constanza de Meneses y, a pesar de la fortuna de sus padres, decidió seguir la carrera militar.
Participó en la famosa Batalla de Pavía en Italia y enfrentado al saqueo de Roma en 1527, logró el reconocimiento del Papa Clemente VII por haber defendido de los desmanes de los soldados a un monasterio de monjas. Tal acción le valió la dispensa papal para contraer matrimonio con su prima hermana María de Torres, con la que tuvo cinco hijos. Se supone que, además, habría tenido más de cincuenta hijos naturales.
Llegó a América hacia 1537 y en 1538 ayudó a Gonzalo Pizarro en su lucha contra los indígenas de Cochabamba. Asumió el gobierno de Charcas durante un año y medio, y posteriormente se unió a la expedición de Valdivia, a quien esperó en Atacama desde marzo de 1540.
El 7 de marzo de 1541 fue nombrado alcalde ordinario del primer Cabildo de Santiago, cargo que sirvió también en 1545 y 1549. Fue regidor en 1542, 1544, 1546 y 1547; factor real ?uno de los oficiales que manejaban los dineros provenientes de las recaudaciones tributarias? desde julio de 1541 hasta el octubre de 1543.
En 1546, cuando Valdivia emprendió la exploración del Biobío, asumió el gobierno militar de Santiago. El 1 de febrero de 1549 fue nombrado capitán de guerra por el Cabildo, para que defendiese a la ciudad del posible ataque de los indígenas sublevados en los valles de Copiapó y Coquimbo, lo que había significado la destrucción de La Serena y la muerte de su fundador Juan Bohón.
En su calidad de compañero de Valdivia, obtuvo una encomienda de 100 indígenas en el Valle del Mapocho y mil en el Valle de Cachapoal. El 22 de julio de 1549, Valdivia le entregó, además, el repartimiento de los valles de Copiapó y Coquimbo que habían pertenecido a Juan Bohón.
Segunda fundación de La Serena
Francisco de Aguirre siempre cumplió celosamente las tareas encomendadas por Valdivia. El 20 de junio de 1549 fue nombrado teniente de Gobernador de La Serena, con la orden de refundar y repoblar la ciudad que había sido destruida por los indígenas en enero anterior, y también se le entregó el derecho de conceder encomiendas.
De Aguirre procedió a refundar la ciudad el 26 de agosto de 1549, abocándose de inmediato a pacificar la región con una violenta política de persecución de los indígenas, a quienes atacó sin compasión. El éxito que obtuvo permitió restablecer las comunicaciones terrestres entre Santiago y el Perú, objetivo del asentamiento norteño.
El gobierno de Tucumán
La independencia de la región norte y la autoridad que en ella ejercía Francisco de Aguirre, fue discutida por el Cabildo de Santiago, institución que consiguió limitar sus poderes. En octubre de 1551, Pedro de Valdivia le encargó tomar posesión del territorio trasandino del Tucumán, donde ya se había fundado la ciudad de Barco. Para asegurar tal anexión, Valdivia lo nombró teniente general en las regiones de La Serena y Tucumán, con el derecho de poblar villas y ciudades, independiente de la autoridad de su teniente general en Chile, Francisco de Villagra. Esto significaba que a la muerte de Valdivia, su sucesor en el gobierno de Chile no tendría jurisdicción sobre esas regiones.
Aguirre salió hacia Barco en noviembre de 1552, acompañado por 110 hombres y cruzó la cordillera sin mayor dificultad, siendo recibido y aceptado como teniente Gobernador de Valdivia el 21 de mayo de 1553. A mediados de ese año, la ciudad fue trasladada a su asentamiento definitivo, en la ribera del río Dulce, siendo rebautizada con el nombre de Santiago del Estero del Nuevo Maestrazgo.
Los cabildos toman el mando
El Cabildo de Concepción había nombrado a Francisco de Villagra y el de Santiago optó por entregar el mando a Rodrigo de Quiroga, desconociendo los derechos de Aguirre. Así, había tres candidatos para un solo cargo, pero Aguirre estaba dispuesto a ocuparlo a como diera lugar y pasando por sobre cualquier impedimento. Ante tal actitud, el Cabildo de Santiago le ordenó en abril de 1554 que no entrase en la ciudad con sus hombres. Aguirre, sin embargo, siguió insistiendo, incluso por medio de la presión.
El 7 de enero l555 su hijo Hernando llegó a Santiago, al mando de parte de sus tropas, las que fueron prontamente desarmadas. Aun así, Quiroga se retiró de la contienda, la que en adelante sería protagonizada por Aguirre y Villagra. Resolviendo el conflicto, finalmente la Audiencia de Lima dispuso que los cabildos tomasen el mando. De esta manera, Francisco de Aguirre fue alejado del gobierno de La Serena y de Tucumán.
El testamento de Valdivia
Las designaciones de Valdivia hicieron crecer la ambición de Aguirre, quien en diciembre de 1553 pidió al Rey Carlos V la independencia total de Tucumán y La Serena, y su designación como Gobernador. La muerte de Valdivia fue la ocasión para concretar las aspiraciones de poder de este conquistador. El 17 de marzo de 1554, se hizo reconocer como Gobernador en Santiago del Estero y después en La Serena, basándose para ello en el testamento dejado por Pedro de Valdivia, quien había establecido que en caso de muerte debía ser remplazado por Gerónimo de Alderete, y en ausencia de este ?lo que de hecho se producía en esos momentos? por Aguirre. Es importante notar que el testamento de Valdivia no menciona a su teniente de Gobernador, Francisco de Villagra, quien en el momento de la redacción de tal documento estaba en el Perú.
Arresto de Aguirre
Cuando en 1557 el nuevo Gobernador García Hurtado de Mendoza llegó a La Serena, fue recibido por Aguirre, quien le manifestó su lealtad y lo hospedó en su casa. Sin embargo, dos días después, la nueva autoridad ordenó su arresto y posterior reclusión a bordo de un galeón, en el que también sería embarcado Francisco de Villagra. Ambos fueron trasladados al Perú donde se les sometió a juicio, siendo finalmente absueltos por la Real Audiencia de Lima, la que además ordenó que se les restituyeran los bienes que se les habían confiscado.
Enfrenta a la Inquisición
En 1559, Aguirre regresó a Chile, estableciéndose en La Serena con su familia, y después de numerosas solicitudes, consiguió que el 22 de junio de 1563 el Rey lo nombrara como Gobernador de Tucumán. Dos meses después, aquella provincia sería separada de Chile.
A comienzos de 1566, la sublevación de un grupo de soldados dirigidos por el general Jerónimo de Holguín, terminó en un nuevo episodio de prisión para Aguirre, quien fue enviado con grilletes a Charcas siendo acusado, entre otros cargos, de haber expresado proposiciones heréticas, erróneas y escandalosas. El lento proceso inquisitorial fue llevado por el obispo de Charcas y la sentencia del 15 de octubre de 1568 justificó la prisión de más de dos años que Aguirre había cumplido.
Sus últimos días
Una vez liberado de su encarcelamiento, Francisco de Aguirre resolvió volver a Tucumán, región cuyo gobierno ?a pesar de su prisión? le había sido confirmado por el Rey en febrero de 1567. La conducta de Aguirre en Tucumán, caracterizada por el recelo hacia sus adversarios que continuaron acosándolo, lo llevó a penosos excesos que fueron conocidos por la Inquisición, siendo nuevamente sometido a un proceso que demoró 5 años.
En 1576, Francisco de Aguirre inició el viaje de regreso a La Serena. Rodrigo de Quiroga, quien había sido lugarteniente suyo en los comienzos de la Conquista y ahora era Gobernador, lo recibió y acogió amablemente. Para superar los problemas económicos derivados de su prolongada prisión, en diciembre de 1576 se le hizo merced del Valle de Copiapó, donde murió en 1581.
