Nació en España en 1597. Sus padres fueron Antonio de Cabrera y Acuña, y Águeda de Bayona. Siguió la carrera militar y sirvió en Flandes. Gracias a las influencias de su tío Hernando Ruiz de Contreras, secretario de Estado de Felipe IV, logró ser destinado al Perú con un cargo de corregidor. Posteriormente, fue nombrado maestre de campo del Callao y caballero de la
Orden de Santiago
Estando en el Perú, recibió la designación de Gobernador interino de Chile, cargo que asumió el 4 de mayo de 1650 una vez llegado a Concepción. Por Real Cédula del 18 de mayo de 1652, fue confirmado como Gobernador en propiedad por el Rey Felipe IV, para una período de ocho años.
En Perú, había contraído matrimonio con Juana de Salazar, mujer que ejerció fuerte influencia sobre él, llegando incluso a obtener importantes cargos para sus hermanos Juan y José de Salazar. Tanto los cuñados como el propio Gobernador tuvieron gran responsabilidad en la gestación del levantamiento general indígena de 1655, del que derivó la deposición del Gobernador por parte de los vecinos de Concepción. Acuña fue sometido a juicio por su responsabilidad en la rebelión, pero el proceso fue paralizado en 1660 por influencias de su familia. Viajó a Lima, donde murió en 1662.
La guerra: falsas esperanzas de paz
Las informaciones recibidas en Chile sobre la posibilidad de encontrar un medio pacífico para terminar con la Guerra de Arauco, convencieron a Acuña de la factibilidad de pactar la paz con los mapuche a través de un parlamento. Esta reunión se realizó el 24 de enero de 1661 en Boroa, y en ella los naturales se comprometieron a mantener la paz y permitir la evangelización.
Sin embargo, este acuerdo fue de corta vida. En marzo del mismo año se conoció en Santiago el ataque de los indígenas cuncos a la tripulación de una nave que, dirigiéndose hacia Valdivia, había naufragado.
La indignación general de la población justificaba un castigo ejemplarizador, pero los consejos de los jesuitas convencieron al Gobernador Acuña de emprender una campaña limitada contra esos grupos hostiles, y no provocar el reinicio de la guerra general. Esta determinación fue alterada por las recomendaciones interesadas de la parentela de su mujer, ansiosa por renovar el conflicto, que era fuente de indígenas esclavos aptos para la venta.
El levantamiento de 1655
En 1654, partió una expedición militar que castigaría a los cuncos que habitaban en las riberas del río Bueno, pero los indígenas vencieron a las tropas españolas. Una segunda expedición fue interrumpida con la noticia de un inminente alzamiento general de los naturales, que finalmente se concretó el 14 de febrero de 1655, en el área comprendida entre Osorno y el río Maule. También se levantaron los indígenas de servicio, quienes destruyeron alrededor de 400 estancias ubicadas en esa región.
En esos momentos, el Gobernador se encontraba en la plaza de Buena Esperanza -actual Rere-, y decidió evacuarla. Nacimento también fue abandonada.
Rechazado por los vecinos
La población de Concepción culpó a Antonio de Acuña y a sus cuñados, Juan y José de Salazar, del fracaso con los indígenas. A ellos se les atribuyó toda la responsabilidad por los sucesos que, en el fondo, habían sido provocados por los nuevos ataques. La certeza de la ineptitud del Gobernador y de sus capitanes -que con los recursos existentes habrían podido impedir esa tragedia- convencieron a los habitantes de esa ciudad del mal desempeño del gobernante.
Así, concurrieron a la casa del Gobernador, el que ante el ardor e indignación manifestado por la multitud, no tuvo más remedio que huir y buscar un refugio seguro. Reunidos en su casa, los vecinos designaron, en nombre del Rey, como Gobernador al veedor general del Ejército, Francisco de la Fuente Villalobos.
El 2 de marzo de 1655, Acuña y Cabrera fue restituido en su cargo por el Cabildo de Santiago y la Real Audiencia, instituciones que reprobaron la acción del Cabildo de Concepción, por considerarla una violación a la autoridad del Rey, él único que podía designar y deponer a sus funcionarios.
Un juicio fallido
Las informaciones llegadas a Lima sobre los hechos establecían como causas principales la debilidad del Gobernador y la ambición de sus cuñados. Ante esta situación, el Virrey le solicitó a Acuña que viajara al Perú junto a su familia; el Gobernador se negó en reiteradas ocasiones. En vista de ello, el Virrey procedió a nombrar como Gobernador interino a Pedro Porter Casanate, quien llegó a Concepción en enero de 1656 y obligó a Acuña a reconocer su autoridad.
En la Real Audiencia de Lima se iniciaron sendos procesos contra Acuña, los hermanos Salazar y quienes depusieron al Gobernador. La influencia de la familia de Acuña en Madrid logró poner fin al procedimiento, reconociéndose incluso el derecho de este a pedir una indemnización por los daños que se le hubieren causado.
