Es difícil establecer a ciencia cierta el origen del piloto Juan Fernández. Habría sido hijo de Alfonso Doca y de Teresa Fernández, de la ciudad de Ferrera. El primer dato confiable que se tiene sobre él, es que hacia 1529-1530 formó una compañía marítima con el descubridor del Nuevo Reino de Granada. Sebastián de Benalcázar. Hacia 1532 se habría unido a los hombres de Francisco Pizarro que se dirigían a conquistar el Perú. Estuvo presente en la entrevista Cajamarca, donde las huestes hispanas capturaron al Inca Atahualpa. Entre 1533 y 1585 se estableció en Chile. El 6 de julio de 1582 recibió el título de propiedad de unas tierras ubicadas en la ribera norte del río Quillota. Luego, reclamaría otros terrenos aledaños, petición que sería aceptada por el gobernador Martín García Oñez de Loyola en Diciembre de 1792, en consideración a los servicios «que a su Majestad ha hecho en este Reino el dicho Juan Fernández en la Pacificación y allanamiento de los Indios rebelados contra el Real Servicio…y en particular en el descubrimiento que hizo de la nueva navegación de el Perú a este dicho Reino…» No queda clara la data de su muerte, que se supone fue a fines del siglo XVI o a comienzos del XVII.
Al servicio de Pedro de Alvarado
Luego de permanecer en el Perú, en 1533 Fernández pasó a Guatemala para ponerse al servicio de Pedro Alvarado, uno de los principales capitanes de Hernán Cortés, el Conquistador de México. Junto a él se dirigió hacia el sur para disputar las riquezas peruanas a Pizarro y Almagro, pero la suerte no acompañó a esta empresa. Almagro los detuvo en el actual territorio de Ecuador (1534). Fernández cayó en desgracia ante Pizarro, pero este finalmente lo perdonó. La próxima empresa de Fernández lo habría llevado al Sur, hacia las costas de Chile, tras lo cual se supone que habría vuelto a servir a Alvarado para luego dedicar alrededor de 30 años, hasta 1563, a navegar por las costas americanas.
Descubre las islas
En 1563 Juan Fernández descubre el conjunto de islas que llevan su nombre. En estos años, el tiempo empleado en navegar entre Chile y Perú era, por efecto de la corriente de Humboldt, menor que el usado en el viaje de regreso, el que demoraba alrededor de seis meses. Fernández sospechó de la existencia de esta corriente y discurrió que alejándose de la costa, sus efectos serían menores, con lo que los tiempos de navegación en sentido norte-sur se reducirían. Esto era efectivo, pues en el viaje de descubrimiento del archipiélago sólo demoró 30 días en total. Además, fue el primer colonizador de aquellas islas. A ellas llevó a 60 indígenas, fabricó casas de madera y paja, y se dedicó al comercio de productos del mar y de aceite de lobo marino con el Perú y las ciudades chilenas. Sin embargo, prontamente se arruinó.
