Nació en la ciudad de Carmona, Andalucía hacia 1524. Después de servir como militar en el Perú, llegó a Chile en 1549 formando parte de los refuerzos que traía Valdivia. Participó como capitán por casi cuarenta años en la Guerra de Arauco, sin ganar mucha fama ni fortuna. Fue encomendero en Cañete, aunque posteriormente Francisco de Villagra le quitó su repartimiento.
Góngora Marmolejo fue regidor de Valdivia en 1555 y después tesorero, contador, factor y visitador de la Real Hacienda, en 1556 y 1565. También se desempeñó como corregidor de Villarrica y de Castro en 1569. Se le conoce un proceso cursado por el licenciado Egas Venegas en 1571, a propósito de los cargos hechos en su contra por su desempeño como factor y contador de la ciudad de Valdivia.
Al fallecer en enero de 1576, desarrollaba la función de juez pesquisador de hechiceros indígenas.
Góngora pasó a la historia por el relato que realizó de los sucesos ocurridos en Chile, desde el descubrimiento hasta sus días. La lectura de La Araucana le sugirió la necesidad de completar los vacíos dejados por Alonso de Ercilla, que sólo se refería a los sucesos militares acaecidos hasta el gobierno de García Hurtado.
Su Historia de Chile
El libro que Góngora comenzó a escribir en 1572, se basó en el relato de los protagonistas de los primeros años de la Conquista y en las experiencias vividas por él en el teatro de la guerra, desde su llegada en 1546.
Su Historia de Chile, como lo tituló, es el producto de una pluma sin los refinamientos literarios de Ercilla.
Escribiendo con naturalidad, el autor se limitó a exponer los hechos en forma ordenada y sin resaltar algún aspecto en particular. Intentó ser objetivo en el tratamiento de los personajes, sobre todo al momento de expresar sus virtudes y defectos. La descripción de los acontecimientos carece de las exageraciones presentes en otras obras de este tipo y de las alusiones a la intervención de santos como actores de los sucesos.
Un valioso documento
El manuscrito estuvo terminado en diciembre de 1575 y se supone que luego fue enviado a España para ser publicado. Sin embargo, permaneció inédito hasta el siglo XVIII, cuando fue descubierto por el bibliógrafo González Barcia. Sólo en 1850 Pascual de Gayangos la editó en el cuarto tomo del Memorial Histórico Español.
La publicación de la obra de Góngora Marmolejo en Chile, en 1862, en el tomo II de la Colección de Historiadores de Chile, ha sido y sigue siendo una lectura obligada para comprender los sucesos del Descubrimiento y Conquista de Chile, y sobre todo del gobierno de Valdivia, período ausente en el poema de Ercilla.