Nació hacia principios del siglo XVI en Navarregadilla, Ávila, España. Estudió en Alcalá y se graduó de bachiller en derecho. Más tarde, en octubre de 1531, se licenció en Teología en el Colegio Mayor de San Bartolomé, de la Universidad de Salamanca.
Fue maestro de artes, juez de estudios y posteriormente rector de dicho colegio. Desempeñó una canongía en la Catedral de Salamanca y fue nombrado juez metropolitano de la Catedral de Toledo. Vicario de Alcalá en 1537, pasó luego al Consejo de la Suprema Inquisición. Los hechos que a partir de 1541 se produjeron en Perú lo traerían a América ese año: Diego de Almagro el Mozo asesinó a Francisco Pizarro en venganza por la muerte de su padre, ocurrida tres años antes. Como consecuencia, se produjo una guerra entre pizarristas y almagristas. Para agravar la situación, los hermanos Pizarro creían tener derechos sucesorios sobre los cargos y títulos de su difunto hermano, lo que fue rechazado por la Corona, decidiéndose la creación del Virreinato del Perú.
Esta situación se vio complicada con la aplicación de las llamadas Leyes Nuevas. Impresionado por los relatos que se hacían de los malos tratos de que eran víctimas los indígenas, en 1542 Carlos V decidió anular la existencia de las encomiendas. Esta medida, establecida en aquellas leyes, causó un profundo rechazo entre los encomenderos. El primer Virrey del Perú, Blasco Núñez Vela, arribó en 1544 y se enfrentó a los hermanos Pizarro. Fue depuesto por la Real Audiencia limeña y embarcado hacia España. La misma institución nombró a Gonzalo Pizarro como Gobernador. Tal desacato a la autoridad no podía ser tolerado y Carlos V decidió enviar a La Gasca a América para terminar con aquella rebelión. Aquí cumplió diversas funciones hasta 1550, cuando regresó a España.
Falleció el 13 de noviembre de 1567.
Con poder general
El problema en Perú se complicaría mucho más. Como Núñez Vela pudo escapar y organizar tropas, Pizarro se enfrentó militarmente con él en Iñaquito, Ecuador, derrotándolo y ordenando su degollamiento (enero de 1546).
La Gasca obtuvo un poder general para actuar en una situación de excepción. Se le encargó establecer nuevamente la Real Audiencia y se le dio derecho para ejercer la justicia en todo tipo de asuntos, incluso para declarar un indulto general y expulsar a los que persistieran en rebeldía. También, se le concedió el derecho de gastar los caudales de la Real Hacienda y de pedir auxilios a todas las provincias. La Gasca salió de San Lúcar de Barrameda en 1546, acompañado, ente otras personas, de dos oidores y de Alonso Alvarado.
Fin de la rebelión
Pedro de la Gasca arribó primero a Nombre de Dios, Panamá, donde se enteró de la derrota y muerte del Virrey Núñez. Venía con el ánimo de persuadir a los subalternos de Pizarro y lograr una solución pacífica al conflicto. Sin embargo, Gonzalo Pizarro se negó a cualquier transacción. La Gasca reunió un numeroso ejército y partió hacia el sur, y en abril de 1548 logró derrotar definitivamente a los rebeldes en la Batalla de Xaquixahuana, en la que participó Pedro de Valdivia, quien había concurrido al Perú el año anterior y se había colocado bajo su mando.
Pizarro fue juzgado y condenado a muerte e incluso su casa fue arrasada hasta los cimientos. Sobre el sitio se derramaron grandes cantidades de sal para impedir que allí germinara, incluso, la hierba.
Reconoce a Valdivia como Gobernador
Para premiar la participación de Pedro de Valdivia en Xaquixahuana, La Gasca reconoció el título de Gobernador que a aquel le había concedido el Cabildo de Santiago. En una carta que el mismo Conquistador envió a sus apoderados en la Corte, les instruyó de “informar asimismo como fui, estando ya preso Gonzalo Pizarro e aquellos capitanes, a hablar al presidente (La Gasca), y en viéndome me dijo: Señor Gobernador -que hasta allí siempre me llamaba capitán- vuestra merced ha dado la tierra a S.M. Yo le respondí que se le había dado Dios, y yo sirviéndoles como criado y vasallo, y que besaba las manos a sus señoría por tan gran merced y favor…”. La acción de Valdivia no impidió, en todo caso, que el mismo La Gasca ordenara su detención y enjuiciamiento debido a las acusaciones que llegaban desde Chile.
Regreso a España
Tras la victoria, La Gasca se ocupó de diversos asuntos administrativos y judiciales, entre los que estuvo el proceso seguido a Pedro de Valdivia y el restablecimiento de la Real Audiencia en Lima. Además, envió visitadores a distintas localidades para informarse acerca del trato que se daba a los indígenas y de los tributos que había que pedirles.
En 1550, regresó a España y un año después arribó al Perú el nuevo Virrey, Antonio de Mendoza, quien entre otras obras, estableció la Universidad Mayor de San Marcos. La Gasca, por su parte, llegó a Cádiz en julio de 1550, sin ropa ni dinero, siendo auxiliado por el arzobispo de Sevilla. Carlos V pagó las deudas que contrajo en Perú y promovió su nombramiento en el obispado de Palencia. Felipe II lo promovió a igual cargo en Sigüenza (1561).