No existen mayores datos de su vida antes de 1600 y la data de su fallecimiento también es incierta, suponiéndose que ocurrió hacia 1614.
Sólo se sabe que sirvió en el ejército español en Flandes y luego en Francia. El 13 de noviembre de 1600 salió de Lisboa con rumbo a Chile con el grado de capitán, a las órdenes de Francisco Martínez de Leiva. Luego de un accidentado viaje, llegó a Mendoza en mayo de 1601, trasladándose después a su destino inicial, donde permaneció hasta 1607.
A poco de haber arribado se le ordenó viajar al Sur, región en la cual todavía se sentían las consecuencias del gran alzamiento indígena que empezara con el Desastre de Curalaba.
González de Nájera se encargó de construir un fuerte en las orillas del Bío Bío. Después de 4 años de servicios militares en la zona de guerra, fue nombrado sargento mayor por el recientemente designado Gobernador Alonso García Ramón (1605), tras lo cual regresó a Santiago enfermo y herido, producto de su participación en la guerra.
Emisario ante la Corte real
Debido a la crítica situación militar, el Gobernador García Ramón decidió enviarlo a España para informar al Rey Felipe III del verdadero estado del Reino. La elección de González se fundaba en los años de servicio al soberano. Señalaba el Gobernador que González de Nájera: «Ha servido con mucho lustre, celo y cuidado, y lo mismo ha hecho en los Estados de Italia y Flandes, de donde trajo algunas peligrosas heridas en una pierna, y por su edad y ser esta tierra tan pajiza y la aspereza della no le dan lugar a que continúe el real servicio de V.M. en la guerra, como lo ha deseado y hecho hasta aquí, siempre en los puestos y cargos más prominentes…».
En mayo de 1607 partió hacia España, a donde arribó a fines del año siguiente. Con el propósito de dejar constancia de la crítica situación que se vivía en Chile, y para convencer al Consejo de Indias y al Rey de enviar socorros a estas tierras, redactó y presentó algunas consideraciones que luego se transformarían en los puntos quinto y sexto de su libro Desengaño y Reparo de la Guerra del
Reino de Chile
Desengaño y reparos al Rey de España
En la Corte, González hizo una serie de recomendaciones respecto de la forma de seguir la guerra, sin embargo, no fue escuchado y su petición de socorro tampoco tuvo éxito. En todo caso, sus méritos fueron reconocidos y se le nombró Gobernador del puerto Hércules en Toscana, donde terminó su obra en 1614.
González de Nájera no consiguió que su escrito fuera publicado. Tal decisión pudo estar ligada a la crudeza del relato que hace respecto de la situación de los españoles en Chile y a la decisión real de imponer el sistema de guerra defensiva, que contrariaba lo sugerido por él.
