Nació en Pedrosa, Valladolid, España, el 27 de agosto de 1599, hijo de Francisco López de Zúñiga y de la Cerda y de María de Meneses y Padilla. Heredó el título de marqués de Baides, distinción que Felipe IV le otorgara a su padre en 1622. Fue también caballero de la Orden de Santiago, a la cual ingresó en 1626. A los 17 años inició su carrera militar, sirviendo más de una década en las campañas de Flandes, gracias a lo cual obtuvo el grado de capitán. Hacia 1636 se casó con María Salazar, hija de Alonso Pérez Salazar, oidor de Charcas.
Ese mismo año, el Rey Felipe IV le encargó el gobierno de Santa Cruz de la Sierra, el que no alcanzó a asumir, pues el 30 de marzo de 1638 se le notificó su designación como Gobernador de Chile, cargo que asumió en Concepción en mayo de 1639 y que ejerció hasta 1646. En octubre de ese año se trasladó al Perú donde vivió por aproximadamente 10 años, y decidió volver a España junto a su familia, pero encontró la muerte al ser su nave atacada por los ingleses cerca de Cádiz (1655).
Las paces de Quilín
Al igual que sus predecesores, López de Zúñiga tuvo que enfrentar las dificultades derivadas de la carencia de recursos materiales y humanos para continuar la guerra en Arauco, situación que lo inclinó a creer que todo enfrentamiento militar con los indígenas era inútil. Aconsejado por algunos sacerdotes jesuitas y en vista de la realidad del avance indígena, se propuso entonces preparar la paz con los mapuche, evitando cualquier tipo de hostilidad. Recibió a sus adversarios en Concepción, llenándolos de obsequios tales como ropas de colores, bastones y otros.
A principios de octubre de 1640 redactó un documento para que fuera leído en todo el Reino, donde mandaba que los vecinos de Concepción se reunieran el 15 de diciembre para acompañarlo a celebrar la paz. El 6 de enero de 1641 se efectuó el esperado encuentro pacífico entre españoles e indígenas en los llanos de Quilín y en abril de 1643 Felipe IV aprobó, en Madrid, lo obrado por el Gobernador.
Se reinician las hostilidades
A pesar de las aspiraciones del Gobernador, la paz no fue duradera: en enero de 1643 los enfrentamientos se reanudaron, y a este problema interno se sumó el ataque holandés a Valdivia. En 1641, España y Holanda se encontraban en guerra, y los holandeses proyectaron establecerse en las costas americanas del Pacífico. Este proyecto fue ideado por Enrique Brouwer, antiguo Gobernador General de las posesiones holandesas en la India. Contando con la aprobación de la Compañía de las Indias Occidentales, Brower salió con tres naves rumbo al Brasil, donde adquirió más embarcaciones y en mayo de 1643 se dirigió, a Chile donde atacó Castro, en la isla de Chiloé, y zarpó, ciudad de la que logró apoderarse un tiempo hasta que la abandonó.ás embarcaciones y luego, en mayo de 1643, se dirigió a Chile donde atacó Castro, en la isla de Chiloé, zarpando hacia Valdivia, ciudad de la que logró apodrearse un tiempo hasta que la abandonó.
