Nació el 14 de diciembre de 1915, en La Serena, y fue hijo de José Toribio Merino Saavedra, quien fuera comandante en jefe de la Armada, y Bertina Castro Varela. Realizó sus primeros estudios en los Sagrados Corazones de Viña del Mar, ciudad a la que llegó con su familia en 1919.
En 1927, su padre fue enviado por el Presidente Ibáñez a Europa. José Toribio continuó estudios en el Golden Green College y en el Sagesse Convent, en Londres, y luego en el American High School, de París.
De regreso en 1930, postuló a la Escuela Naval, pero reprobó las materias de Historia y Geografía de Chile, y Castellano. Al año siguiente volvió a intentarlo, y fue aceptado. Egresó en 1936 con el grado de guardiamarina.
Una de las travesías que más lo marcó fue a fines de la Segunda Guerra Mundial, cuando se embarcó como teniente voluntario en el crucero Raleigh, de la Armada de Estados Unidos. Después de comandar una serie de embarcaciones, se hizo cargo de la corbeta Papudo en 1952, mismo año que contrajo matrimonio con Margarita Riofrío, con quien tuvo tres hijas.
Dos años después, se convirtió en oficial de Estado Mayor y dictó clases de Logística y Geopolítica en la Academia de Guerra Naval. En 1956 fue destinado a Londres como agregado naval adjunto. A su regreso ascendió a capitán de navío.
Ascendente carrera
En 1963, Merino fue nombrado jefe del Estado Mayor de la Escuadra y comodoro de la Operación Unitas 4. Al año siguiente, asumió como subjefe del Estado Mayor de la Armada.
En 1967 participó en la creación de la Cofradía Náutica del Pacífico, agrupación que reunió a uniformados y civiles, clave en los sucesos de 1973.
En 1970 fue designado director general de los Servicios de la Armada y en 1972, con el grado de vicealmirante, alcanzó el cargo de comandante en Jefe de la Escuadra y juez naval. En 1973 asumió como comandante en jefe y juez naval de la Primera Zona Naval; también fue intendente de Valparaíso.
La aversión del almirante Merino por el marxismo lo haría pensar en la renuncia, al ser electo Presidente Salvador Allende. Posteriormente, dijo a su camarada Ismael Huerta: ?A Allende lo voy a sacar yo?.
El gabinete de Paz Social y el día D
A mediados de 1972, el Presidente Allende llamó a los altos mandos de las Fuerzas Armadas a integrar el gabinete de Paz Social. El comandante en jefe de la Armada, almirante Raúl Montero, fue designado para asumir el cargo de ministro de Hacienda, lo que politizaría aún más la situación al interior de la institución.
Montero, presionado, optó por renunciar, quedando la comandancia en jefe de la Armada, en forma interina, en manos de José Toribio Merino. El 9 de septiembre, Merino envió una carta a Augusto Pinochet y Gustavo Leigh, altos mandos del Ejército y la Aviación, respectivamente.
En la misiva se leía: El día D será el 11 a la hora 06.00. Contesten si están conformes en el reverso de la hoja. Ahí se leían dos ?Conforme?, más las firmas de los aludidos. Esa carta, enmarcada, permanecería desde ese día en el escritorio del almirante.
El golpe militar y la operación de la Escuadra
La noche del 10 de septiembre de 1973, Merino dio la orden de zarpe a la Escuadra, con el fin de despistar al gobierno, alerta a todos los movimientos de las Fuerzas Armadas. En la madrugada del 11 la Escuadra regresó al puerto, en una operación que fue clave para el éxito del golpe, pues Allende creyó que efectivamente había zarpado para unirse a la Operación Unitas.
Ese mismo día Merino asumió formalmente la comandancia en jefe de la Armada y se integró a la Junta Militar de Gobierno.
El régimen militar y la misión económica
Durante los primeros años del gobierno militar, Merino jugó un importante papel en la instauración del modelo económico y en su manejo.
El plan económico que Merino impulsó tenía su origen en El Ladrillo, estrategia elaborada en 1972 por un grupo de economistas, entre los que se contaba Álvaro Bardón, Juan Villarzú y Emilio Sanfuentes, entre otros. Las directrices principales de la estrategia económica impulsada por el almirante, decían relación con la apertura de la economía nacional, la modificación del sistema tributario, la creación y formación de un mercado de capitales, un nuevo sistema previsional, la regulación de la actividad agrícola y la protección del derecho de propiedad.
La crisis del Beagle
En 1978, con Merino al frente de la Comisión de Defensa, se enfrentó una difícil situación con Argentina, debido a problemas limítrofes en la zona del Canal Beagle. El almirante fue partidario de la guerra, señalando que los acuerdos de límites sólo servían para perder terreno de a poco? y que era más efectiva una demostración de fuerzas.
Sin embargo, se aceptó la mediación papal, lo que no gustó a Merino. Una vez firmado el tratado, el 11 de abril de 1985, el almirante hizo llegar un mensaje al Papa: Sólo firmé el tratado porque soy católico y respeto a Su Santidad; si no, no lo hubiera hecho.
El contrapeso del General Pinochet
Si bien Merino apoyó siempre al general Pinochet, para no mostrar públicamente las desavenencias con él, criticó siempre su personalismo. En 1974, cuando Pinochet quedaba como Presidente de la República y luego ascendía a capitán general, el almirante hizo notar su molestia.
En 1986, tras el caso de las armas de Carrizal Bajo, fue él quien vetó la solicitud de Pinochet para atribuirse facultades extraordinarias.
En 1989 sus gestiones detuvieron dos proyectos de ley que quería aprobar el general: la extensión de la Ley de Amnistía de 1978 a 1990, y la creación de una Junta de Comandantes en Jefe de las Fuerzas Armadas con atribuciones similares a las que hoy tiene el Consejo de Seguridad Nacional.
Según señalaría después, se opuso porque no deseaba actos que enturbiaran la entrega del gobierno. Las diferencias entre ellos se hicieron públicas con motivo del plebiscito de 1988, cuando el almirante expresó que prefería un candidato civil.
Los martes de Merino: Yo no soy político, soy marino
A fines de 1983 comenzaron a hacerse famosas las declaraciones de los días martes del almirante, después de las reuniones de la Junta de Gobierno. Merino se reunía con la prensa y hablaba libremente: Yo no soy político, soy marino. Tengo derecho a decir lo que quiera, se defendía. Su singular humor político lo llevó a hablar de los bolivianos como auquénidos metamorfoseados, a dividir a los chilenos entre nativos y moscovitas y a calificar a los comunistas de humanoides.
Su obra en la Armada y el retiro
En sus 17 años al frente de la Marina, el almirante hizo una renovación completa de los armamentos y de la flota, con excepción de la Esmeralda. Además, introdujo conceptos de manejo económico. Su profundo catolicismo también lo transmitió a la institución, a la que intentó mantener alejada del ámbito político.
El 8 de marzo de 1990, días antes de que Patricio Aylwin asumiera la presidencia de la República, Merino pasó a retiro. De ahí en adelante se dedicó a sus pasatiempos preferidos: el golf, la pintura, la fotografía y el cuidado de sus aves. También dedicaría tiempo a escribir sus memorias, las que no alcanzó a ver publicadas.
Afectado de un cáncer linfático, murió el 30 de agosto de 1996.