Nació en Génova hacia 1507. Era hijo de Tomás Pastene y de Esmeralda Solimana. La fecha de su muerte se ignora, conociéndose sólo que en 1580 aún estaba vivo. Se casó en Santiago con Ginebra de Seixas, natural de Las Palmas de la Gran Canaria, con la que tuvo 3 hijos varones.
Su viaje a Las Indias debe haber sido hacia 1525, en su propio navío. Participó activamente en varias exploraciones marítimas, lo que le valió ser designado por la Audiencia de Panamá como piloto mayor del Mar del Sur, nombre que se le daba al Océano Pacífico es esa época. Llegó al perú en 1536 y allí sirvió a Francisco Pizarro. En 1544, era maestre y piloto de la nave Concepción.
El viaje de Pastene a los mares y territorios del Sur de Chile se gestó en una Real Cedula que el Rey Carlos V envío al Virrey del Perú con la orden de inciar la exploración de la costa hasta el Estrecho de Magallanes. Esta labor fue considerada urgente, puesto que existían noticias de una expedición organizada por el Rey de Francia – Francisco I, conocido rival del Emperador español – con el mismo objetivo. Esto se transformó en una amenaza a las pretensiones españolas de convertir el Pacífico en un mar exclusivamente hispano.
Recorriendo el Mar del Sur
El Virrey del Perú eligió a Juan Bautista Pastene para el reconocimiento del Estrecho de Magallanes y le otorgó, en octubre de 1543, el título de general de la Mar del Sur. Llegando a Chile a bordo de la nave San Pedro, en 1544. Pastene auxilió a Pedro de Valdivia, quien lo nombró teniente de capitán general en el Mar del Sur. Al conferirle ese título, Valdivia le encargó nuevamente la exploración a las costas de Chile. Si bien el viaje de Pastene no cumplió cabalmente con su cometido, puesto que no llegó hasta el Estrecho, fue de gran importancia, ya que logró un reconocimiento de las costas chilenas y de importantes puntos de ella, hasta la isla de Chiloé. Luego, en 1545, Valdivia lo envío al Perú en busca de auxilios, de donde regresó en 1547.
Otras actuaciones
Durante el Gobierno de García Hurtado de Mendoza, Juan Bautista Pastene siguió las exploraciones marítimas hasta Chiloé. También estuvo presente en la fundación de Concepción. Entre los cargos que desempeñó están el de regidor del Cabildo de Santiago en 1548, 1551,1553, 1557 y 1568, y alcalde en 1564.
