Nació en Santiago en 1674. Sus padres fueron Alonso de Toro y Zambrano y Josefa de Romo.
Realizó sus primeros estudios en el Convictorio de San Francisco Javier y luego cursó Filosofía y Teología en el colegio jesuita de Santiago. Se trasladó a Lima, donde se matriculó en la Universidad Mayor de San Marcos y obtuvo su licenciatura en Cánones (derecho canónico), recibiéndose posteriormente de abogado.
En 1705, regresó a Chile y ejerció como relator de la Real Audiencia y en 1711 fue ordenado sacerdote. Fue vicario capitular de Santiago entre 1724 y 1725 y deán de la Catedral, a partir de 1743.
En 1745 el Papa Benedicto XIV lo designó obispo de Concepción, cargo que asumió formalmente al año siguiente y desempeñó hasta su fallecimiento, en mayo de 1760.
Un obispo anciano
Cuando José de Toro y Zambrano asumió su sede episcopal tenía 72 años de edad, pero esto no fue obstáculo para que se dedicara con energía al cabal cumplimiento de sus obligaciones.
Gran parte de sus esfuerzos los dedicó a mejorar la calidad de la enseñanza del Seminario de Concepción, continuando la labor de su antecesor, Pedro Felipe de Azúa.
También, puso especial atención en las condiciones de vida del clero de su diócesis y con este objetivo, en 1749 solicitó al Rey que se aumentara la renta de los sacerdotes. Asimismo, pidió que se dispusiera que las cuatro capellanías militares que existían en Valdivia —cada una dotada con 732 pesos— fueran entregadas a eclesiásticos de Concepción. En 1752, el Rey finalmente accedió a tal petición.
En aquellos años la diócesis contaba con 24 parroquias y alrededor de 50 sacerdotes.
El terremoto de 1751
De Toro y Zambrano se hizo famoso por la resistencia que opuso al traslado de Concepción, que fue afectada por un terremoto y maremoto el 25 de mayo de 1751. La ciudad fue destruida casi totalmente, con graves daños materiales: casas y edificios quedaron en el suelo y la Catedral quedó sin una de sus torres.
Otros daños importantes ocurrieron en el campo cultural, por ejemplo, el convento jesuita de la ciudad perdió su biblioteca que contaba con más de dos mil volúmenes.
En prevención de una nueva catástrofe, el gobierno del Reino dispuso que la ciudad fuese trasladada a un paraje denominado La Mocha, pero el obispo presentó una férrea resistencia a ello, llegando incluso a amenazar con excomulgar a quienes se mudasen al nuevo emplazamiento. Se ha argumentado que la tenaz resistencia del prelado tenía su origen en una cuestión económica: la diócesis era acreedora de muchos préstamos hipotecarios —censos, como se les llamaba en la época— y de cambiarse la ciudad, perdería los dineros involucrados en aquellas operaciones. La disputa duró 12 años y sólo fue resuelta tras la muerte del obispo.
