Nació en Santiago el 2 de noviembre de 1804 en la quinta del Condado de la Cañadilla, donde está actualmente el Cementerio Católico. Hijo de Manuel Joaquín Valdivieso y Maciel, y de María Mercedes Zañartu Manso.
Entre 1815 y 1817 estudió Latín con clases particulares, y luego Filosofía en el Convento de Santo Domingo hasta 1819. Ese año ingresó como alumno externo al restablecido Instituto Nacional, a los cursos de Economía Política, Derecho Natural y de Gentes, y Canónico y Patrio. Se recibió de abogado el 25 de mayo de 1825, a los 21 años de edad.
A los 30 años descubrió su vocación sacerdotal. Vistió la sotana el 15 de junio de 1834, el 24 recibió el diaconado de manos del vicario apostólico Manuel Vicuña, y fue ordenado sacerdote el 27 de julio. Cantó su primera misa el 15 de agosto en la Iglesia de Santo Domingo.
En 1843 fue nombrado por el gobierno miembro de la Facultad de Leyes de la Universidad de Chile, y poco tiempo después decano, organizando la Academia de Ciencias Sagradas.
El 1 de julio de 1848, a los 44 años de edad, fue consagrado obispo de Santiago. Como tal, desarrolló una intensa labor y le correspondió enfrentar la cuestión del sacristán.
Murió 8 de junio de 1878.
Abogado y político
En 1825 Rafael Valdivieso se desempeñó como administrador del Hospicio de Santiago, en compañía de Manuel de Salas y Domingo Eyzaguirre. Al año siguiente ejerció el cargo de defensor de menores de la capital, cargo que su padre había comprado por dos vidas.
En 1829 fue miembro y secretario de la Municipalidad de Santiago, y en 1831 ingresó al Congreso como diputado suplente por la capital, destacándose por su carácter enérgico y recto. En 1832 fue nombrado ministro suplente de la Corte de Apelaciones, en reemplazo de Santiago Echevers.
Brillante sacerdote
Como sacerdote, su trabajo pastoral se inició en el hospicio del cual ya había sido administrador, haciendo gratuitamente las funciones de capellán. Desde un principio se destacó por su inteligencia, que ya había demostrado en los tribunales. Participó en misiones al Sur, a Chiloé, en 1835, y a las parroquias del Norte, acompañando por 7 meses al vicario Manuel Vicuña en 1838.
Se convirtió en uno de los más brillantes oradores en el púlpito, celebrando las exequias de Diego Portales en 1837, y la de las víctimas de Yungay en 1839. En 1841 emprendió una nueva misión a la provincia de Atacama en compañía de otros sacerdotes. A su regreso se le encargó la reedificación de la Iglesia de la Compañía, incendiada el 31 de mayo de ese año. En 1842 fue nombrado capellán de la misma.
La voz del clero
En forma paralela a su labor en la Facultad de Leyes de la Universidad de Chile, Valdivieso fundó en 1843 la Revista Católica, que se alzó como la voz del clero para la defensa de la independencia de la iglesia; fue su primer director y redactor hasta que fue nombrado arzobispo de Santiago. Además, fundó en 1861 el Boletín Eclesiástico para publicar los decretos de la curia capitalina.
El obispo Manuel Vicuña influyó para que Valdivieso cambiase su decisión de no aceptar cargos más altos al interior de la Iglesia Católica chilena de los que ya póseía, convenciéndolo de que esta necesitaba una guía en esa época de turbulentas relaciones con el Estado.
Después del destierro del arzobispo Rodríguez Zorrilla, a los católicos les faltó un pastor desde 1814 hasta 1828. Manuel Vicuña se hizo cargo cuando contaba ya con 50 años.
A la cabeza de la Iglesia Católica chilena
Valdivieso fue presentado por el gobierno para arzobispo de Santiago ante la Santa Sede el 9 de mayo de 1845. El 6 de julio de ese mismo año el Cabildo de Santiago despojó del cargo de vicario episcopal a Juan Francisco Meneses y le entregó -según la tradición colonial de patronato del poder civil sobre el religioso- el gobierno de la Iglesia con el cargo de arzobispo a Rafael Valdivieso.
El papa Pío IX lo confirmó como el segundo arzobispo de Santiago que hubo en Chile el 4 de octubre de 1847. Recibió la consagración episcopal en la capital el 1 de Julio de 1848, a los 44 años de edad, de manos del obispo argentino Hilarión Etura.
De este modo, Valdivieso quedó a la cabeza de una institución que contaba con alrededor de 220 sacerdotes y 67 parroquias, según un censo de 1845; y de un obispado que se extendía desde el río Choapa por el Norte, y hasta el río Maule por el Sur.
Una descripción
«De regular estatura, corpulento, cara semirredonda, alargada hacia el mentón de facciones toscas y grandes ojos claros que miraban con la perspicacia y socarronería chilena.(…) El nuevo arzobispo electo carecía de enemigos, era universalmente querido, fuera, como es natural en Chile, de algunos envidiosos; aunque tenía un carácter fuerte y severo, en su corazón bondadoso y consecuente, todos encontraban acogida. Apostólico y mortificado, alma de mucho corazón y de costumbres inmaculadas, sinceramente humilde.» (Historia de la Iglesia en Chile, Fidel Aradena B.).
Primeras acciones pastorales
El arzobispo Valdivieso designó a Hipólito Salas como secretario y como vicario a José Miguel Arístegui y Aróstegui. Sus acciones pastorales fueron organizar las oficinas del arzobispado, uniformando las comunicaciones oficiales, reglamentando la formación de inventarios de las parroquias y cofradías.
Además, estableció las reglas para efectuar matrimonios entre católicos y los que no eran, emitió una ordenanza que reglamentó los ejercicios espirituales, y restableció el culto al Apóstol Santiago, llevándose a cabo la procesión el domingo 27 de julio de 1845.
Múltiples iniciativas
Valdivieso fue también parte de varias fundaciones: gran cantidad de parroquias, la Junta de Socorros que colectaba dineros para los pobres, creó en 1848 la junta de inspección de ordenados -encargada de seleccionar y vigilar a los aspirantes a clérigos-; y en 1850, el colegio de párrocos.
En este sentido, por decreto del 30 de agosto de 1846, pidió a los párrocos que enviaran cada 6 meses al arzobispado un estado de los bautismos, casamientos y entierros, especificando los derechos que se habían pagado.
El 20 de junio de 1850 se creó el vicariato castrense, encomendándose a Rafel Valentín Valdivieso su dirección, la que fue confirmada por el Papa el 20 de julio de 1858.
La independencia de la Iglesia
Valdivieso defendió enérgicamente la independencia de la Iglesia en la imposición de sus propias reglas internas, contra el poder civil que intentaba regular las procesiones, nombrar párrocos según sus intereses y establecer la edad mínima para las profesiones religiosas perpetuas. En fin, sobre el patronato que tenía el estado sobre la institución.
Restableció las disciplinas monásticas que habían decaído en 1851. Impulsó la llegada de nuevas congregaciones al país como, por ejemplo, las Hijas de la Caridad, para atender los hospitales; las Hermanas de la Providencia, para el cuidado de huérfanos y pobres; los Hermanos de La Salle; los Padres de los Sagrados Corazones (Padres Franceses) en 1841, etcétera.
Se deteriora su salud
En 1858, debido a que se encontraba muy enfermo, los médicos le aconsejaron viajar a Europa en busca de descanso. Visitó varios países y en Roma fue recibido por el Papa.
En enero de 1860 siguió camino a Jerusalén. De vuelta en Europa, estuvo en París y Madrid. Volvió a Chile en marzo de 1861.
En 1877 sufrió una pulmonía que sería el comienzo del debilitamiento de su memoria y lucidez. Estuvo delicado de salud todo el año y sufrió las críticas de algunos religiosos. El sábado 8 de junio de 1878, después de oír misa en la mañana, sufrió un ataque cerebral, que lo llevó al delirio y después a la agonía. Falleció a la diez y media de la noche de ese mismo día.