Nació en Santervas, León, España, en 1511, y sus padres fueron Álvaro de Sarría y Ana Velásquez de Villagra.
Se sabe que en 1537, es decir a los 26 años de edad, ya se encontraba en el Perú. Contrajo matrimonio en España con Cándida de Mortesa, la cual se trasladó a América el 9 de abril de 1554, con un hijo y sus criadas. Además, tuvo tres hijos naturales.
Llegó a Chile en 1540, formando parte de la empresa conquistadora de Pedro de Valdivia y al formarse el Cabildo de Santiago, en marzo de 1541, fue elegido para ocupar el cargo de regidor, el cual volvió a asumir en 1546 y en 1547. Este mismo año, cuando Valdivia partió al Perú, fue nombrado Gobernador interino, lo que implicaba que quedaba al mando del territorio. A su regreso, Valdivia lo envió al Perú, en agosto de 1549, en busca de nuevos refuerzos.
Regresó en 1551. Involucrado en la disputa por el poder en el Reino de Chile producida tras la muerte de Valdivia, fue nombrado corregidor y justicia mayor (1556), cargo que detentaba al momento del arribo a Chile del Gobernador García Hurtado de Mendoza, quien lo arrestó y envió a Lima. En 1558 fue designado Gobernador de Chile, falleciendo durante su mandato, el 22 de junio de 1563.
Corregidor y justicia mayor
La figura de Villagra está íntimamente relacionada a las acciones de Pedro de Valdivia en su expedición al Sur. Estuvo presente en los enfrentamientos con los indígenas y en los éxitos del conquistador en tierra araucana.
En medio de la disputa por el poder producida por la muerte del conquistador de Chile, en 1555 la Real Audiencia de Lima determinó que los cabildos de cada ciudad ejercieran el mando. Ello no resultó ser una buena decisión y la Audiencia hechó pie atrás, decidiendo, en febrero de 1556, que Villagra asumiera como corregidor y justicia mayor del Reino.
Campañas militares en el Sur: Marigueñu y Peteroa
En forma paralela a la disputa por el poder, Villagra debió organizar la defensa española ante el alzamiento indígena. Inició una campaña militar (febrero de 1554) en la que la suerte no lo acompañó, pues fue derrotado por Lautaro en Marigueñu. Como resultado de este combate, la ciudad de Concepción debió ser despoblada.
Villagra emprendió una nueva campaña en el verano de 1557. Tiempo después (fines de abril), cuando atravesaba el río Maule, se enteró de la presencia de Lautaro en Peteroa e inmediatamente se dirigió hacia allí para atacarlo por sorpresa. Los españoles, pasando las fortificaciones mapuche, cayeron sobre el grueso de las fuerzas indígenas, las que se encontraban descansando. La victoria española fue total y Lautaro murió en el combate.
Prisionero de García Hurtado de Mendoza
La disputa por el poder en el Reino solo terminó en 1557, cuando arribó a Chile el nuevo Gobernador García Hurtado de Mendoza. La primera medida que este adoptó al llegar a La Serena fue apresar a Francisco de Aguirre, y luego (fines de abril) envió a un emisario para que hiciera lo mismo con Villagra, quien se encontraba en Santiago. Su intención era evitar cualquier levantamiento de los «viejos conquistadores» en contra de su autoridad. Aguirre y Villagra fueron embarcados hacia Lima, donde la Real Audiencia los juzgó. A Villagra se le acusaba de haber asumido el mando por la fuerza y de haber sacado el oro de las cajas reales para emplearlo en la defensa del Sur. A pesar de la gravedad de los cargos, fue absuelto el 10 de noviembre de 1559.
Gobernador de Chile
Francisco de Villagra fue designado Gobernador de Chile por el Rey Felipe II el 20 de diciembre de 1558, y asumió el cargo en febrero de 1561, reemplazando a García Hurtado de Mendoza. Su gestión gubernativa no sería fácil: a la epidemia de viruela desatada en el país por el contagio de algunos enfermos que llegaron por mar a La Serena, se sumó el reinicio de la Guerra de Arauco.
Cuando se dirigía a Cañete para renovar las acciones militares, el Gobernador enfermó. Tenía sólo 50 años, pero había dedicado más de 24 de ellos a los servicios militares. Aquejado por la gota -enfermedad que afecta las articulaciones-, que no le permitía caminar, asumió sus deberes debiendo ser transportado en camilla a La Imperial y luego a Angol, donde arribó en marzo de 1562.
Ya en Concepción, postrado en cama, organizó las tropas que al mando de su hijo Pedro de Villagra, irían a enfrentar a los mapuche. Las campañas militares resultaron negativas para los españoles, quienes fueron derrotados en Catirai y obligados a despoblar Cañete.
Los últimos años del gobierno de Villagra se caracterizaron por la acentuación de su enfermedad y las graves derrotas militares sufridas en Arauco. El estado de su salud lo decidió, finalmente, a redactar su testamento. Ya moribundo, se hizo vestir con el hábito de religioso franciscano con el que falleció.
Suerte y figura de Villagra
Según un cronista. «Era Francisco de Villagra cuando murió, de edad de cincuenta y seis años… Gobernó con poca ventura, porque todo le salía mal. Era de las barbas entre rubias, el color del rostro sanguino, amigo de andar bien vestido y de comer y de beber: enemigo de pobres. Fue bien quisto antes que fuese gobernador, y mal quisto después que lo fue. Quejábanse de él que hacía más por sus enemigos a causa de atraerlos a sí que por sus amigos. Fue vicioso de mujeres y mohino en las cosas de guerra. Sólo en la buena muerte que tuvo fue venturoso. Era amigo de lo poco que tenía guardado: mas se holgaba de recibir que de dar.»
