Nació en Colina, el 10 de octubre de 1833, en el seno de la familia formada por José María Vergara y Carmen Etchevers. Estudió Matemáticas, y se recibió de ingeniero en 1866 en la Universidad de Chile, y como tal estuvo a cargo de dos grandes proyectos: la construcción del ferrocarril de Santiago a Quillota, y el túnel de San Pedro.
Se casó con Mercedes Álvarez, con quien tuvo dos hijos: Blanca y Salvador. En 1874 inició la fundación de la ciudad de Viña del Mar, entregando para ello los terrenos de la parte baja del fundo de propiedad de su mujer.
Vergara fue un hombre versátil. No solo practicó la ingeniería sino también se destacó como político y escritor. En 1868 se incorporó al Club de la Reforma. Después de viajar por Europa, fue electo diputado por Ancud, hacia 1877.
Durante la Guerra del Pacífico realizó una importante carrera militar: participó en la Campaña de Tarapacá y en la Campaña de Tacna, con vistosos éxitos. Con el cargo de ministro de Guerra y Marina en Campaña (desde el 15 de julio de 1880), participó en la organización de la Campaña de Lima, y combatió en las batallas de Chorrillos y Miraflores (1881).
Ministro y senador
Luego de su participación activa en la Guerra del Pacífico, fue nombrado ministro del Interior del gobierno de Domingo Santa María (1881-1886); ejerció dicho cargo hasta el 12 de abril de 1882, cuando lo sucedió José Manuel Balmaceda.
Ese mismo año resultó electo senador por Coquimbo, cargo con el que desplegó sus dotes de orador y político.
Hombre multifacético
Muy conocido es el debate que Vergara inició en el Senado, a propósito de la lectura de un telegrama de Balmaceda, donde quedaba al descubierto la intervención electoral del gobierno.
Tal actitud le valió fama política, que lo llevó a ser proclamado por el Partido Radical, candidato a la presidencia en la Convención Nacional, Liberal y Radical, realizada en 1886.
El diario La Libertad Electoral fue el portavoz de su candidatura. Renunció a continuar con la campaña, ya que su oponente, José Manuel Balmaceda, contaba con la protección oficialista y la mayoría de los votos, y él no tenía el apoyo del Partido Conservador.
Vergara inició su carrera como periodista en 1875, cuando fundó el diario El Deber, en Valparaíso, del cual fue redactor. Como ya se ha señalado, también creó el diario La Libertad Electoral, donde insertó sus Cartas Políticas con el seudónimo de Severo Perpena.
Fue superintendente del Cuerpo de Bomberos de Santiago y Gran Maestro de la Masonería de Chile.
Dedicado principalmente a labores filantrópicas y ya retirado de la vida pública, falleció el 15 de febrero de 1889, en Viña del Mar.