Nació en Santiago en 1802. Fue hijo ilegítimo del abogado argentino Bonifacio Zapiola y Lezica y de la chilena Carmen Cortés.
Realizó sus estudios en una escuela pública con el maestro fray Antonio Briseño, entre 1812-1815. Se inició como clarinetista de manera autodidacta en 1819, apoyado por el comerciante danés y músico aficionado Carlos Drewetcke. Por oído, Zapiola logró dominar ese instrumento. Luego, aprendió el oficio de artesano en plata en el taller de Elías Espejo.
En 1820 ingresó a la Catedral de Santiago como clarinetista «a mérito», es decir, sin sueldo. También lo hizo al Batallón Nº 2 de las Guardias Nacionales, siendo director de la banda de música del Batallón Nº 7 en 1823.
Zapiola participó en la fundación de la Sociedad Filarmónica de Santiago en 1826, junto a Isidora Zegers y Francisco Oliva; al año siguiente ingresó a la Catedral como primer clarinete.
Continuó en la dirección de bandas militares por encargo de Diego Portales, transcribiendo el paso de carga que estas tocaron hasta 1832. Asimismo, organizó la banda militar del Batallón Nº1 de Aconcagua (1838).
En lo político, formó parte de la Sociedad de la Igualdad, llegando incluso a ser deportado a Chiloé por cuatro meses tras los hechos ocurridos en abril de 1851. Entre 1870 y 1872 se desempeñó como regidor por Santiago.
Falleció en Santiago en 1885.
Prolífera obra
En 1830, el músico dirigió la orquesta de Pissoni-Betaglia, la primera compañía de ópera que vino a Chile y amplió sus conocimientos musicales con el pianista francés Jules Barré. En 1835 estudió los tratados musicales y partituras de grandes maestros, da clases y compone dos odas tituladas Ad Domine y Ad Juvandum, que son ejecutadas en la Catedral. En 1837 compone Misa de Requiem a la Muerte de Don Diego Portales, asesinado ese año.
En 1839 compuso su obra más famosa, el Himno de Yungay, que llegó a ser considerado un segundo himno nacional. Además realizó composiciones como contradanzas, himnos militares, misas, y zamacuecas, entre estas Negro Querido, en 1840.
Su legado musical
Zapiola creó la cátedra de música en la Escuela Normal de maestros de Santiago. En 1852 fundó -junto a Isidora Zegers, José Bernardo Alzedo y Francisco Oliva- la revista El Semanario Musical, primera publicación especializada en la materia.
En 1842 organizó los primeros conciertos musicales en Santiago y Valparaíso, obteniendo en 1844 una medalla de oro del gobierno por sus servicios. En 1857 asumió la dirección del Conservatorio Nacional de Música, pero renunció meses más tarde debido al poco interés de las autoridades hacia este centro.
Durante la década de 1864 a 1874 fue maestro de capilla de la Catedral de Santiago. En 1871 comenzó a escribir su autobiografía, tiulada Recuerdos de Treinta Años.