Una vez establecidos en el Cuzco, iniciaron una dinastía cuyo primer gobernante fue Manco Cápac, personaje legendario que se estableció con su esposa, llamada Mama Ocllo, y su familia en el Cuzco, donde dominó a los pueblos que lo habitaban. Los emperadores que le siguieron, como Sinchi Roca y Lloque Yupanqui, no destacaron en particular. En cambio el cuarto, denominado Mayta Cápac, inició la expansión del pueblo inca, motivado por una sequía que asoló los Andes Centrales. Esto, con el fin de asegurarse abastecimiento en los valles cercanos.
Los siguientes gobernantes, como Cápac Yupanqui, Inca Roca, Yahuar Huacac y, sobre todo, Viracocha, se ocuparon de resguardar los territorios ocupados con el establecimiento de funcionarios incas y guarniciones militares.
Lo que se conoce como imperio histórico comenzó con Pachacutec Inca Yupanqui, que ocupó el trono hacia 1438, siendo un gran conquistador y organizador del reino. A su mandato se atribuyen obras como los planos de Cuzco, la construcción de cultivos en base a terrazas y la construcción del templo del Sol. Además, mientras gobernaba se inició la expansión incaica que alcanzó por el sur el lago Titicaca y por el norte la región de Huanuco. Igualmente, comenzó la unificación de las tribus vecinas y sometió con sus ejércitos a las que no accedían a integrarse. Se dice también que fue Pachacutec quien propuso la práctica de las mitimas, mediante la cual grupos de pobladores, llamados mitimaes (del quechua mítmaq, colono, advenedizo), eran trasladados a otros lugares para evitar rebeliones.
Entre los años 1471 y 1493, con el hijo de Pachacutec, Tupac Inca Yupanqui, el imperio alcanzó su máximo esplendor. En esa época se conquistó todo el altiplano andino y los territorios septentrionales de Chile y Argentina.
El sucesor de Inca Yupanqui fue Huayna Cápac, cuyo período se caracterizó por varios levantamientos que, no obstante la dificultad, pudieron ser controlados. En su gobierno se alcanzó la mayor extensión geográfica, con un número cercano a los 900 mil kilómetros cuadrados. Cuando falleció, el imperio quedó dividido en dos partes a cargo de sus hijos: a Atahualpa le otorgó la región de Quito y a Huáscar, la del Cuzco. Sin embargo, ambos hermanos se enfrentaron en una guerra civil en el momento de la llegada de los españoles.
