Combate de Huara (17 de febrero de 1891)
Después de cuatro horas de batalla, las tropas balmacedistas, conformadas por 900 soldados al mando del coronel Eulogio Robles Pinochet, derrotaron a las congresistas en Huara, localidad ubicada entre Pisagua e Iquique. Aunque estas últimas contaban con 1.200 efectivos y eran dirigidas por el coronel Estanislao del Canto, estaban mal armadas y faltas de disciplina militar.
Iquique cae en poder de los congresistas (21 de febrero de 1891)
Luego de que las tropas balmacedistas intentaran infructuosamente vencer la resistencia de un pequeño contingente de fuerzas congresistas, Iquique pasa a ser controlado por estas.
Combate de Pozo Almonte (7 de marzo de 1891)
Debido a la falta de municiones, y luego de luchar durante cuatro horas, Eulogio Robles ordenó la retirada del ejército gobiernista. Desgraciadamente, el triunfo de las fuerzas constitucionalistas, como se hacían llamar las que representaban la causa del Congreso, fue manchado por las atrocidades que se cometieron en el caserío de Pozo Almonte, donde los vencedores pasaron por las armas a quienes se habían refugiado allí, en venganza por rumores que daban cuenta de que los prisioneros de Huara, jefes y soldados, habían sido asesinados después de ese combate. Incluso, Eulogio Robles, ya herido y desangrándose, fue muerto sin piedad por la soldadesca.
Organización de la Junta de Gobierno de Iquique
La victoria de Pozo Almonte señaló el principio de la desmoralización del ejército gobiernista, el comienzo del robustecimiento del Congreso, con la incorporación de jefes y oficiales experimentados más nuevo material de guerra, y la consolidación de sus fuerzas en el norte del país.
Dueños de las dos provincias salitreras, que comenzaron a producir abundantes rentas provenientes de los derechos de exportación del salitre, los jefes de la revolución decidieron organizar en Iquique un gobierno que dirigiera los servicios administrativos y atendiera en el extranjero los intereses de su causa. Así se constituyó una Junta de Gobierno integrada por el comandante Jorge Montt, quien la presidía, y los presidentes de las cámaras, Waldo Silva y Ramón Barros Luco, con Enrique Valdés como secretario, el 12 de abril de 1891.
Junto con el decreto de organización de la junta, se dio a conocer públicamente, por primera vez, el acta de deposición de Balmaceda, documento ignorado por la mayoría de los congresales.
La dictadura
A través de su ministro Domingo Godoy, Balmaceda instauró una férrea dictadura: la Universidad y algunos liceos fueron clausurados, así como los clubes y los centros políticos; las cárceles fueron abarrotadas con opositores al régimen; los diarios antigobiernistas cerraron sus puertas; la Corte Suprema y las Cortes de Apelaciones fueron suspendidas y reemplazadas por tribunales militares; en las haciendas de los opositores se efectuaron incautaciones arbitrarias; mientras en campos y ciudades se hicieron enrolamientos forzosos destinados a aumentar el ejército del gobierno.
Asimismo, la situación empeoró en el aspecto económico. La Bolsa y el comercio pasaron por un período de abatimiento y de incertidumbre.
Disolución del Congreso
Pero una dictadura personal tampoco era algo que deseara Balmaceda, quien no quería aparecer como un vulgar usurpador. Para legalizar su poder, disolvió el Congreso y convocó a elecciones parlamentarias.
Como es de suponer, los comicios solo fueron un simulacro electoral que llevó al Parlamento a las personas designadas desde La Moneda, sin experiencia política ni prestigio social. A su lado estaba un reducido grupo de aristócratas pasivos y numerosos funcionarios y militares, para quienes se habían abolido de hecho las incompatibilidades parlamentarias.