El Perú se convirtió en el centro más fuerte de la reacción española, por lo que su ubicación amenazaba peligrosamente la independencia de Chile y los países cercanos. O’Higgins de acuerdo con San Martín, preparó una expedición para libertar el virreinato, en esa época gobernado por Joaquín de la Pezuela, la que quedó conformada en su mayoría por soldados chilenos.
El 20 de agosto -el mismo día del cumpleaños de O’Higgins- se embarcaron en Valparaíso rumbo a Perú más de cuatro mil hombres, en medio de los vítores de la gente que había llegado hasta el puerto para despedir a los patriotas.
Una vez en Perú, y mientras San Martín tenía planificado bloquear Lima, Lord Cochrane se apoderó de la fragata Esmeralda, abordándola el 5 de noviembre de 1820, e incorporándola dentro de la escuadra nacional con el nombre de Valdivia.
Asimismo, la deserción del batallón realista Numancia, que se incorporó a las fuerzas de San Martín, significó para los patriotas un nuevo triunfo, al lograr el 29 de enero de 1821 que el virrey fuera depuesto.
Luego que José de la Serna, sucesor del virrey, ordenara abandonar Lima, San Martín entró a Perú, proclamó su independencia y asumió el 3 de agosto el cargo de Protector Supremo.
La Primera Escuadra Nacional
Una de las tareas prioritarias para O’Higgins y su ministro José Ignacio Zenteno fue mantener el dominio del mar. Esto, a fin de asegurar el éxito del plan de San Martín, y evitar que el virrey del Perú siguiera enviando refuerzos a Chile. Bajo estas premisas, se formó la Primera Escuadra Nacional, cuyo mando fue confiado temporalmente al coronel de artillería Manuel Blanco Encalada, mientras se contrataba un oficial naval experimentado que la organizara.
La Primera Escuadra estaba constituida por el bergantín Águila, capturado después de Chacabuco, navío al que se sumaron más tarde la fragata Lautaro, y otras tres embarcaciones compradas en 1818.
O’Higgins despachó las cuatro embarcaciones a Talcahuano, lugar donde fue apresada la fragata española María Isabel, rebautizada más tarde como O’Higgins.
A principios de 1819 llegó a Chile el destacado marino británico Lord Thomas Cochrane, quien se hizo cargo de la escuadra con el título de vicealmirante. La primera hazaña de Cochrane fue la toma de Valdivia.
El cruce de los Andes
Con más de cuatro mil hombres debidamente armados y preparados, el Ejército Libertador estaba ya en condiciones de emprender la travesía de los Andes. Para ello, el coronel San Martín dispuso atravesar por varios pasos, a objeto de atacar Copiapó, La Serena, San José de Maipo, San Fernando, Curicó y Talca. Juan Gregorio Las Heras atravesó la cordillera por Uspallata; Bernardo O´Higgins y Miguel Soler tomaron el paso de Valle Hermoso. Las dos divisiones se reunieron el 8 de febrero de 1817 en Curimón.