Luego de la conquista de Jerusalén, los cruzados ocuparon casi todas las ciudades costeras de Palestina. A pesar de que en un principio la convivencia entre musulmanes y cristianos fue bastante fraterna, pronto las campañas militares de las cruzadas generaron un gran choque cultural entre el cristianismo y el Islam, anticipando la decadencia política de esta última religión.
Entre 1145 y 1174, bajo el reinado de Nur al-Din ibn Zangi (o Nureddín), de Alepo, que había logrado unir a los pequeños estados egipcios y sirios, empezó a imponerse la idea de la guerra santa, siendo el primer objetivo la ciudad de Jerusalén. Este bastión religioso era venerado de igual manera por judíos, musulmanes y cristianos. Los musulmanes vieron profanado su santuario, situado en la colina del Templo, cuando los cristianos dominaron este lugar. Fue entonces cuando Nur al-Din quiso establecer la supremacía de la religión islámica mandando a construir en la mezquita de Aqsa, ubicada en la colina del Templo, un mimbar (púlpito o cátedra) de madera. Este emblema fue puesto tras la conquista de la ciudad por Saladino (Salah al-din al-Aiyubi) en 1187, y proclamaba el triunfo del Islam sobre los enemigos de la fe.
Saladino fue el fundador de la dinastía de los ayubíes, y a la muerte de Nur al-Din se le reconoció en Siria como su sucesor y como jefe de los musulmanes en las guerras religiosas contra los cristianos.
Con el apoyo del califa de Bagdad, Saladino emprendió el primer gran ataque contra los cristianos, quienes vencieron a los musulmanes. Posteriormente, a pesar de la firma de un tratado de paz, peregrinos y comerciantes musulmanes fueron atacados, con lo que Saladino decidió luchar hasta conseguir nuevamente la conquista de Jerusalén. Este hecho se produjo el mismo día del año en que, según la tradición musulmana, Mahoma había emprendido un viaje al cielo, lo que fue interpretado como un designio divino. Pero la caída de Jerusalén desencadenó en Europa una nueva cruzada, que culminó con la dominación de la ciudad de Acre por parte de los cristianos, al mando del rey de Francia Felipe II, y Ricardo Corazón de León, rey de Inglaterra. De este modo, Acre quedó convertida en la capital del Reino de Jerusalén.
Saladino, por su parte, se concentró en la protección de Jerusalén, y luego de firmar un armisticio con Ricardo Corazón de León, permitió a los cristianos la libre circulación de peregrinos hacia la ciudad santa.
El conflicto de la guerra santa terminó con la muerte de Saladino.
El poder selyúcida
A mediados del siglo XI, los turcos selyúcidas reunificaron durante un corto período el Cercano Oriente. Se trataba de un grupo de clanes que en siglos anteriores se habían establecido en las fronteras occidentales de China, quedando algunos de ellos dentro del imperio islámico. Tugril Beg avanzó sobre Irán y Anatolia, y por el sur penetró en Bagdad, donde se hizo reconocer sultán y protector del califa.
Los tres grandes sultanes selyúcidas, Tugril Beg, Alp Arslán y Malik Sha, organizaron un imperio, que sirvió de modelo al oriente islámico. Establecieron su dominio en Siria y Palestina, hasta que los cruzados cristianos instalaron principados.
A la muerte del sultán Malik Sha, el imperio selyúcida se desintegró, estableciéndose dinastías independientes en Siria, Mesopotamia, Persia y Armenia.
