Este ayllu venía a ser como una extensión de la familia, que se caracterizaba por ser una colectividad agraria unida por lazos de parentesco, en la que los miembros se consideraban descendientes de un antepasado común. Cuando este parentesco era de tipo real y tenía una organización territorial estricta, era conocido como ayllu real o panaca. El ayllu real estaba formado por todos los descendientes varones de un determinado inca, salvo el sucesor, quien creaba a su vez un nuevo ayllu real.
Cada uno de los ayllu ponía a disposición diez hombres, que se encargaban de cultivar las tierras del emperador, participar de las guerras cuando así se requería y trabajar en minas y obras públicas.
La sociedad era muy jerárquica, siendo la máxima autoridad el Inca o emperador, es decir, el monarca que gobernaba con poder absoluto, pues provenía directamente de Inti el dios Sol, y que por lo mismo debía ser venerado por todos sus súbditos. El monarca habitaba en un palacio en Cuzco y por lo general se casaba con su hermana mayor. La sucesión de su trono la ocupaba un hijo legítimo, que no necesariamente debía ser el mayor. El Inca gobernaba asistido por una aristocracia selecta llamada orejones, quienes recibían esa denominación como consecuencia de los grandes adornos que les deformaban sus orejas.
Esta aristocracia, compuesta por los familiares del emperador, ocupaba las mejores tierras y era constituida igualmente por generales y altos oficiales. Luego se ubicaban los curacas, nobles de carácter local. Una posición de privilegio ocupaba también la clase sacerdotal, integrada por el willaq uma o cabeza sagrada, las aqllas o escogidas y los sacerdotes. Les seguían los hatunruna, que eran agricultores y artesanos que, junto con cultivar sus propias tierras, debían trabajar gratuitamente las de la nobleza a modo de tributo. Finalmente, se encontraban los yanaconas o siervos, y los mitimaes o prisioneros de guerra.
El imperio se dividía en dos mitades y cuatro barrios o partes que estaban determinados por los puntos cardinales. La mitad de abajo era llamada Hurin Cuzco, mientras que la mitad de arriba era el Hanan Cuzco. A la parte denominada Hurin Cuzco correspondían el Contisuyo en el oeste y Collasuyo en el sur. A Hanan Cuzco, en tanto, le pertenecían los barrios de Chinchaysuyo en el norte y Antisuyo en el este.
Cada uno de estos sectores era dirigido por un apo, que era un familiar del Inca y, por tanto, perteneciente a la nobleza.