Inicialmente los incas fueron politeístas, es decir, adoraron a muchos dioses, a los que consideraban como benefactores y elementos principales de la naturaleza. Entre ellos se encontraba Viracocha, dios inmortal, creador del universo, que había enseñado a los hombres a cultivar la tierra y tenía la mayor preponderancia.
También fueron adoradores de Inti, el dios Sol, que protegía a la dinastía real y se consideraba el padre del emperador. Le seguía en jerarquía el dios del Trueno o Illapa, y la Luna o Mamaquilla. Asimismo, las diosas de la tierra, Pachamama, y del mar, Mamacocha, eran muy importantes para asegurar la agricultura y la pesca.
Las ceremonias tenían lugar al aire libre y en ocasiones en los templos, a los que solo podían acceder los sacerdotes y altos funcionarios. El santuario más importante era el de Coricancha o templo del Sol, que contenía los objetos de adoración y las tumbas de los emperadores.
Las ofrendas a los dioses eran colocadas en altares a la vera de los caminos y recibían el nombre de huacas. Existían también santuarios de piedra para orar, llamados apachetas.
Dentro de la religión incaica el culto de los muertos ocupaba un lugar muy destacado. Por esto, después de la muerte las personas eran momificadas y luego de un tiempo llevadas a sus casas.
Respecto a los sacerdotes, estos componían una poderosa jerarquía que se dividía en categorías. El Sumo Sacerdote recibía el nombre de Villac Umu y era siempre un pariente cercano del Inca.
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La civilización incaica destacó, entre otros aspectos, por su extensa red caminera. El imperio tenía dos caminos principales, de norte a sur: uno a lo largo de la costa y otro que atravesaba las tierras altas. Estos trazados eran cruzados por otros caminos transversales y secundarios que lograban unir aldeas y pueblos. Eran los llamados Caminos del Inca, que atravesaban la sierra y llegaban hasta Quito en Ecuador, por el sur hasta Chile y hacia el este hasta Argentina.
Quienes circulaban por estos caminos eran principalmente unos mensajeros, llamados chasquis, que se relevaban en un sistema de postas. Por lo mismo, durante el trayecto se situaban unos lugares, llamados tambos, que servían como refugio para estos caminantes.
