Apoyado en la teoría de la Seguridad Nacional, los militares consideraron que se encontraban en medio de una guerra, no solo contra el marxismo y los grupos armados, sino que también contra cualquiera que practicara una oposición al régimen. Así, no solo fueron eliminados, torturados o exiliados dirigentes y partidarios de la UP, sino también sindicalistas, líderes estudiantiles y numerosas personas de distintas actividades. En varias partes del país se establecieron centros de detención y tortura. Incluso la Iglesia fue atacada, al ser asesinados algunos sacerdotes.
Para esta acción se creó la Dirección de Inteligencia Nacional, DINA, en 1974, la cual posteriormente se transformó en la Central Nacional de Información, CNI. Ambas, integradas por personal de las Fuerzas Armadas y colaboradores, actuaron sin ninguna limitación, ejerciendo su autoridad represivamente durante muchos años.
Se estima que entre 2.000 y 4.000 personas «desaparecieron» en estas circunstancias durante todo el gobierno militar. Este tipo de represión, denominado también terrorismo de Estado, se extendió al extranjero: el general Carlos Prats y su esposa fueron muertos por una bomba en Buenos Aires, Argentina (1974); el político demócrata cristiano Bernardo Leighton y su señora fueron baleados en Roma, salvando con vida (1975) y Orlando Letelier, ex ministro de Allende, y su secretaria, fallecieron en un atentado en Washington, Estados Unidos (1976).
Para defender los derechos de los civiles, el cardenal Raúl Silva Henríquez creó la Vicaría de la Solidaridad, dependiente del Arzobispado de Santiago.
