Informado José Manuel Balmaceda sobre el desastre de sus fuerzas, delegó el mando en el general Manuel Baquedano y luego se asiló en la embajada argentina. Sin embargo, no fue la mejor decisión designar al viejo general, pues no supo impedir los saqueos de las casas de los partidarios de Balmaceda. Esta situación se mantuvo hasta que los revolucionarios, encabezados por Jorge Montt, entraron en Santiago el 31 de agosto.
Luego de permanecer en la embajada algunas semanas, José Manuel Balmaceda tomó la decisión de suicidarse, lo que realizó en la mañana del 18 de septiembre. Vestido de negro y tendido sobre su cama, se disparó un tiro cuando cumplía el término de su periodo presidencial, poniendo con ese acto no solo fin a su vida sino que al régimen de gobierno de corte presidencialista.
Testamento político de Balmaceda
José Manuel Balmaceda también dejó una especie de testamento político, donde justifica su conducta mientras fue Presidente de Chile, para ser publicado después de su muerte.
Este documento es una visión de José Manuel Balmaceda sobre el futuro de la política nacional si triunfaban los congresistas. En su opinión, bajo este régimen no existiría la libertad electoral, ni una organización política seria y permanente en los partidos ni la paz en el Congreso.
No pasaría mucho tiempo, según Balmaceda, para que aparecieran nuevamente las divisiones, dificultando la acción del Presidente de la República. «Solo en la organización del gobierno popular representativo, con poderes independientes y responsables, y medios fáciles y expeditos para hacer efectiva la responsabilidad, habrá partidos con carácter nacional y derivados de la voluntad de los pueblos, y armonía y respeto entre los poderes fundamentales del Estado», afirmaba Balmaceda.
Consecuencias de la revolución del 1891
Balmaceda advirtió en su testamento político que el triunfo de la revolución y, con ello, la instauración del parlamentarismo, acarrearía solamente males al país.
Sin embargo, con o sin el conflicto armado, las pretensiones del Ejecutivo tarde o temprano se habrían visto superadas, debido a las condiciones ideológicas imperantes en la época, que buscaban minimizar las atribuciones del Poder Ejecutivo.
Por otra parte, los revolucionaros triunfantes no creyeron necesario modificar la Constitución de 1833, por interpretarla en el sentido parlamentario. Su victoria, producto de la violencia, fue absoluta y sin contrapeso: de ahí la falta de reglamentación del parlamentarismo y sus consecuentes excesos.
Bajo otros aspectos, la revolución dejó alrededor de 10.000 víctimas, la más profunda división en las familias, odios que perduraron por décadas y más de cien millones de pesos de la época gastados en desmedro de la economía nacional.