Tras el arresto de Fernando VII por los Bonaparte, se formaron diversas juntas en España reclamando la legitimidad del depuesto rey Borbón, constituyéndose en gobiernos regionales que se opusieron a la invasión francesa, en lo que se conoce como la Guerra de la Independencia Española.
Junto con muchas otras autoridades españolas en el Nuevo Mundo, el Virrey Antonio José Amar y Borbón declaró su lealtad a la Junta de Sevilla. Muchos españoles en Europa estaban dispuestos a reconocer a América, no como colonia, sino como parte integral del territorio español, pero la participación de americanos en las juntas españolas fue mínima y las autoridades españolas en América procuraron evitar el surgimiento de juntas propias en América. En 1809, la junta formada en Quito fue duramente reprimida. Por otro lado los canales oficiales reportaban que la guerra contra los franceses se estaba ganando, lo que contradecía los reportes extraoficiales sobre derrotas de las distintas juntas ante el ejército napoleónico. La aristocracia criolla temía que, en su afán de conservar el poder, el virrey declararía su lealtad al usurpador francés llegado el momento.
Si bien la crisis institucional en España fue un detonante, también fue la oportunidad esperada por varios líderes autonomistas e independentistas. Desde inicios de la colonia, pero especialmente desde que los borbones asumieron el trono de España, la administración de las colonias estaba centrada por las personas que tuvieran influencia en las cortes españolas y en la casa de contratación de Sevilla, posición que no favorecía a los súbditos nacidos en América.
El rey Carlos III, como un típico déspota ilustrado de la época, fomentó las artes y permitió la entrada de las ideas de la ilustración en América, mientras que ejercía un poder político fuerte. Carlos III apoyó a las colonias inglesas en su guerra de independencia, comprometiendo el fisco y promoviendo la imposición de nuevos tributos destinados a subvensionar la defensa de los intereses españoles en el Caribe. Estos hechos provocaron en los años 1780 un rompimiento de la pax hispanica que había regido a las colonias españolas desde su creación. La Insurrección de los comuneros en la Nueva Granada y la sublevación de Túpac Amaru en el Perú evidencian esta nueva realidad.
Carlos IV no se caracterizó por su férreo control del poder. Más interesado en las ciencias dejó la política en manos de sus ministros quienes, especialmente en el caso de Godoy, promovieron reformas liberales en muchos aspectos sociales mientras relegaba cada vez más a las colonias y a los súbditos en las colonias como de segunda.
La persecución que sufrieron personajes como Antonio Nariño, quien había traducido y publicado la declaración de derechos humanos para distribuirla en Santa Fe y el poco caso hecho a Camilo Torres quien había publicado una serie de cartas agrupadas como el Memorial de Agravios, aumentaron el descontento de los criollos en materia política.
Por otro lado, España había impuesto una serie de restricciones comerciales en las colonias, las cuales les imposibilitaba comerciar entre sí y mucho menos comerciar con otras naciones como el Reino Unido o los Estados Unidos. Todas las relaciones comerciales eran decididas desde España, quien, por otro lado, era incapaz de sostener la demanda en sus colonias.
El influjo de ideas liberales y las restricciones políticas y comerciales, crearon el descontento que fue catalizado por la crisis institucional española de 1808.
Las primeras juntas autonomistas
El 10 de agosto de 1809 un grupo de criollos, liderados por Juan Pío Montúfar, declaran una Junta de Gobierno propia en Quito, juran lealtad a Fernando VII y desconocen a las autoridades nombradas desde España. Este se conoce como el primer grito de independencia de las colonias españolas en América.
El Virrey de Santa Fe Antonio Amar y Borbón considera los hechos de Quito como un acto de rebeldía y temiendo que el ejemplo cundiera en el Virreinato, ordena sofocar la rebelión de Quito, lo cual consiguió junto con las tropas enviadas por el Virrey del Perú.
El siguiente episodio ocurrió en Caracas, el 19 de abril de 1810. Los mantuanos, como se designaban a las élites criollas en Venezuela, junto con importantes sectores de la sociedad, incluyendo el clero y las milicias, declaran un nuevo gobierno, desconociendo nuevamente a las autoridades nombradas desde España, pero jurando lealtad a Fernando VII.
La primera insurrección ocurrida en el actual territorio de Colombia ocurrió en Valledupar en abril de 1810.
La Junta de Gobierno de Cádiz (que había reemplazado a la de Sevilla) no veía con buenos ojos los sucesos de Quito y Caracas y habían ordenado el retiro de Amar y Borbón, nombrando en su reemplazo a… noticia que portaba el Comisionado Regio el quiteño Antonio Villavicencio a su arribo a Cartagena el 8 de mayo.
El 22 de mayo en Cartagena de Indias, un movimiento revolucionario crea una Junta de Gobierno, declara su fidelidad a Fernando VII y al Consejo de Regencia y forma una Junta de gobierno, siguiendo el ejemplo de la Junta de Cadiz.
Los sucesos continuaron en julio de 1810. El 3 de julio Santiago de Cali formó sus juntas, luego vendrían Socorro y Pamplona. Finalmente, el 20 los sucesos ocurrirían en la misma sede del virreinato: Santa Fe se subleva. Si bien la Junta de Gobierno de Santa Fe nombró a Amar y Borbón como su presidente, este hecho contó con poco apoyo entre el pueblo y los dirigentes. El 25 de julio el depuesto Virrey es arrestado.
Mas adelante vendrían otros episodios. El 2 de agosto de 1810, nuevamente Montúfar declara una Junta de Gobierno en Quito, junto con otras provincias del Virreinato. No todas las ciudades y provincias crearon juntas de gobierno. Pasto y Santa Marta fueron los más notables bastiones realistas en estos primeros años.
