El árbol de café tiene su centro de origen en la lejana Abisinia (en la actual Etiopía), al nororiente de África. El cafeto es probablemente originario de la provincia de Kafa, pero la cuestión no está resuelta completamente.
Existe una leyenda muy comentada y difundida sobre el origen del café. Es la de un pastor de Abisinia, llamado Kaldi, el cua observó que sus cabras, al consumir unos pequeños frutos rojos de un arbusto que habían conseguido en los montes, habían adoptado un efecto tonificante, lo cuál comprobó al probarlo él mismo y sentirse renovado.
Kaldi llevó unas muestras de hojas y de frutos a un monasterio, donde los monjes por curiosidad las pusieron a cocinar. Al probar la bebida la encontraron de tan mal sabor, que arrojaron a la hoguera lo que quedaba en el recipiente. Los granos, a medida que se quemaban, despedían un agradable aroma. Fue así como a uno de los monjes se le ocurrió la idea de preparar la bebida a base de granos tostados.
Al parecer, las tribus africanas sabían del café desde la antigüedad, ya que molían sus granos y elaboraban una pasta utilizada para alimentar a los animales y aumentar las fuerzas de los guerreros. Su cultivo se extendió en primer lugar en la vecina Arabia, llevado probablemente por prisioneros de guerra, donde se popularizó aprovechando la prohibición del alcohol por la religión del Islam. Yemen fue un centro de cultivo importante, desde donde se propagó al resto del mundo árabe.
En el siglo XV, los musulmanes introdujeron el café en Persia, Egipto, África norte y Turquía, donde la primera cafetería, Kiva Han, abrió en 1475 en Constantinopla. En 1630 había ya un millar de cafeterías en El Cairo.
El café llegó a Europa alrededor del año 1600, gracias a los mercaderes venecianos. Se aconsejó al Papa Clemente VIII prohibir el café, pues representaba una amenaza de los infieles. Después de haberlo probado, éste último bautizó la nueva bebida, declarando que dejar sólo a sus infieles el placer de esta bebida sería una lástima. El café fue bien recibido por los monjes por las mismas razones que los imanes: permite mantenerse despierto durante mucho tiempo y mantener el espíritu limpio.
El café resultó especialmente reprobado por los sectores protestantes, aunque no produciría reacciones tan ásperas como el tabaco. Ya en 1611 algunos terratenientes alemanes pusieron en marcha el sistema de prohibir su difusión. Estas medidas se mantienen durante al menos un siglo en el norte y este de Alemania, hasta que Federico II de Prusia despenaliza su uso, sometiéndolo al pago de un fuerte impuesto. El malestar frente al café prosiguió en el norte de Europa hasta bien entrado el siglo XIX.
En el sur y oeste de Europa se observó una mayor tolerancia. En la década de 1650 comenzó a ser importado y consumido en Inglaterra, y se comenzaron a abrir cafeterías en Oxford y en Londres. La primera cafetería en Londres se abrió en 1652.
Las cafeterías se convirtieron en lugares donde nacieron las ideas liberales, debido a la visita frecuente a esos lugares por parte de filósofos y letrados.
En París, el café Procope fue el primero en abrir, en 1686, inventando una nueva forma de preparar el café: haciendo pasar agua caliente a través de un filtro con café molido.
El café cruzó el Atlántico en 1689, con la apertura del primer establecimiento en Boston.
El café comenzó a cultivarse en las colonias inglesas, en particular en Ceilán, pero las plantaciones fueron devastadas por una enfermedad y finalmente sustituidas por plantaciones de té. En 1696, los holandeses lo hicieron cultivar en Indonesia y en Java.
La primera plantación en Brasil se estableció en 1727.
Las primeras semillas de café se llevaron a Colombia de las Antillas Francesas, y los primeros cultivos en pequeña escala se registraron en los últimos tiempos coloniales, sobre todo en el departamento del Magdalena, en 1785.
Cuando el café alcanzó las colonias estadounidenses, no tuvo inicialmente tanto éxito como había tenido en Europa, ya que los colonos lo veían como un pobre sustituto del alcohol. El consumo de café entre los estadounidenses aumentó durante principios del siglo 19, tras la Guerra de 1812, que había acabado con el acceso a las importaciones de té, y cimentó la posición del café como un producto diario en Estados Unidos.
Hoy en día el cultivo del café está muy extendido en numerosos países tropicales, en especial Brasil, que concentra poco más de un tercio de la producción mundial.