Nuestro país, además, tiene una gran diversidad de tipos de ecosistemas (bosques, desierto, altiplano, etc.) y de climas. Sin embargo, comparado con otros países sudamericanos (como Perú y Brasil), su flora nativa es escasa, sólo posee 5.739 especies, pero presenta un alto grado de endemismo (especies que son propias y exclusivas), que llega a las 2.630 especies, es decir, alrededor del 46% del total de las especies.
La flora se concentra principalmente en la zona centrosur, que abarca desde de la Región de Coquimbo hasta la Región de los Lagos. Al norte y sur de esta área, la abundancia y riqueza de especies va disminuyendo a medida que el clima se vuelve más seco, húmedo o frío.
Desierto de Atacama
El Norte Grande y Chico se caracterizan por su clima árido que da lugar a un paisaje con escasa vegetación. Entre las especies más características están el Tamarugo (Prosopis tamarugo), un árbol capaz de desarrollarse gracias al agua de las napas freáticas (capa de agua subterránea que está más cercana al suelo). También se encuentran la Dalea (Dalea azurea), el Churqui (Oxalis gigantea), el Chagual de Paposo (Puya boliviensis) y el Espino (Acacia caven), entre otros.
En la zona centro y sur del país, la flora es más abundante, ya que se ve favorecida por el clima mediterráneo (cuatro estaciones claramente marcadas y con un verano seco y un invierno lluvioso y frío). En esta área se extiende el bosque esclerófilo, donde predominan especies como el Boldo (Peumus boldus), el Litre (Lithrea caustica), el Quillay (Quillaja saponaria), el Arrayán (Luma apiculata) y el Roble (Nothofagus obliqua). Al sur del río Biobío, se presenta el llamado bosque valdiviano, donde crecen la Murtilla (Ugni molinae), el Copihue (Lapageria rosea), el Laurel (Laurelia sempervirens), el Avellano (Gevuina avellana), la Araucaria (Araucaria araucana) y el Alerce (Fitzroya cupressoides).
Canelo
En las dos regiones más australes del país (la de Aysén y la de Magallanes), existen grandes extensiones de bosque siempreverde, aunque con menos especies arbóreas, destacándose el Ciprés de las Guaitecas (Pilgerodendron uviferum), la Lenga (Nothofagus pumilio), el Canelo (Drimys winteri), el Coigue de Magallanes (Nothofagus betuloides) y el Ñirre (Nothofagus antarctica).
La diversidad vegetal del territorio Antártico, como está cubierto casi por completo con hielos permanentes, se reduce a algunas especies de musgos y líquenes, aunque existen pequeñas plantas con flores, como el Clavel antártico (Colobanthus quitensis).
Cabe señalar que la organización privada sin fines de lucro Conservación Internacional, creada en 1987, identificó a Chile central como una de las 34 áreas prioritarias de biodiversidad o hotspot más importantes del mundo. Estas áreas son aquellas que contienen al menos 1.500 especies de plantas endémicas y que han perdido al menos un 70% de su hábitat original. Once de los doce tipos forestales reconocidos se dan en estas áreas prioritarias de biodiversidad. Los bosques de Palma chilena (Jubaea chilensis) están dentro de los bosques de palmas más australes del mundo, mientras que los bosques de Roble-Hualo de la cordillera de la Costa y la de los Andes contienen especies endémicas importantes, como el Olivillo (Aextoxicon punctatum), el Queule (Gomortega keule), el Ruil (Nothofagus alessandrii), el Hualo (Nothofagus glauca), la Luma del Norte (Legrandia concinna) y el Pitao (Pitavia punctata).
Además, los bosques templados lluviosos del sur, como los argentinos, son los únicos en Sudamérica que contienen Araucaria (Araucaria araucana), la que puede llegar a vivir hasta 1.500 años, y Alerce (Fitzroya cupressoides), uno de los árboles más grandes (alcanza una altura de más de 50 metros) encontrados en el hemisferio sur.
