La agricultura estaba ligada a sus conocimientos de las matemáticas y la astronomía, lo que les permitía conocer el ciclo estacional para lograr mejores cosechas.
La base de su economía era la agricultura, aunque su nivel de avance era mínimo. El sistema de cultivo, basado en rozas (quemas), provocó el fin del viejo imperio, tras la migración de la población por el agotamiento de los suelos fértiles.
Este sistema consistía en que, para cultivar, despojaban el terreno de todo tipo de árboles y plantas, que luego quemaban. Las semillas eran puestas en agujeros cavados en el suelo mediante palos puntiagudos. Agotada la tierra, debían mantenerla sin cultivar (en barbecho) durante unos años. Al mismo tiempo, debían limpiar nuevas zonas de la selva para el cultivo.
La agricultura estaba ligada a sus conocimientos de las matemáticas y la astronomía, lo que les permitía conocer el ciclo estacional para lograr mejores cosechas. Cultivaban maíz, judías o porotos verdes, calabazas, algodón, tabaco y algunos tubérculos (papas, camotes y yuca o mandioca).
También cosechaban cacao, tomates, ají, pimientos y vainilla, entre otros, y recolectaban frutas silvestres, como el aguacate (palta), papayas, guayabas, plátanos, etc. También practicaban la caza, pesca y domesticaban animales para alimentarse. No conocieron la rueda, el arado o la tracción animal.
Cuando las cosechas eran buenas, comerciaban los excedentes. Cada ciudad tenía recursos propios, por lo que se vieron obligadas a establecer un contacto comercial a través del cual lograron integrarse constituyendo una sola civilización, aunque desde el punto de vista político eran totalmente autónomas.
El intercambio se realizaba a través de rutas fluviales. Las embarcaciones transportaban, de un lugar a otro, pedernal, obsidiana, ámbar, lava volcánica, incienso, pieles, plumas y sal. Este comercio estaba en manos de la clase dirigente, que organizaba caravanas de esclavos, único medio de carga que conocían, para hacer llegar sus mercaderías a otras ciudades.
Como medios de intercambio empleaban plumas, semillas de cacao, cal, incienso, algodón, plaquitas de jade o esclavos.
La clase dirigente repartía estos bienes entre los campesinos, quienes a cambio le entregaban su trabajo y servicios.
Trabajaron la piedra, que utilizaron para construir armas, adornos e instrumentos de trabajo. Además, trabajaron la cestería y la alfarería.
