La constitución se aprobó en 1818, y en él quedó establecida la separación de los poderes del Estado. De este modo, el ejecutivo quedaba en manos de un Director Supremo; el legislativo a cargo de un Senado Conservador de cinco miembros; y el judicial, encabezado por un Supremo Tribunal Judiciario. En la práctica, O’Higgins ejerció los tres poderes, por lo que la aristocracia hizo saber su descontento.
En 1822 se convocó a elecciones para una Asamblea Constituyente. Pero el ministro José Antonio Rodríguez Aldea, intervino en la elección de constituyentes, logrando la aprobación de un proyecto donde se establecía que el Director Supremo ejercería seis años, pudiendo ser reelegido por cuatro más, lo que significaba que O’Higgins podía gobernar por otros diez años.
En diciembre de 1822 se organizó un movimiento opositor -encabezado por Ramón Freire-, que no aceptaba la legitimidad de O’Higgins.
Bajo la amenaza de una guerra civil, se logró convocar a un cabildo abierto. O’Higgins, que debía acudir, no lo hizo, y luego de recorrer los cuarteles para destituir a los oficiales partidarios de la rebelión, se arrepintió. Tras una reunión a puertas cerradas en el edificio del Tribunal del Consulado, renunció, autoexiliándose más tarde en Perú.
El Cabildo designó una Junta de Gobierno que quedó integrada por Agustín Eyzaguirre, José Miguel Infante, Fernando Errázuriz y Mariano Egaña.
Consolidación de la independencia
Ya dijimos que una de las primeras medidas de O’Higgins fue la de organizar un ejército nacional. De esta manera, crea en el año 1817 la Escuela Militar, destinada a la formación de oficiales y clases.
Por aquel entonces, en el sur aparecía un nuevo problema: el coronel español José Ordóñez, aprovechando la inacción de San Martín, había reorganizado sus tropas en Concepción y Talcahuano, áreas donde la opinión hacia el rey era muy favorable. Los esfuerzos desplegados por O’Higgins resultaron infructuosos, porque Ordóñez resistió los asaltos de los patriotas.
Poco después fue enviado por el virrey del Perú el general Mariano Osorio, con una nueva expedición, ante lo cual San Martín solicitó O’Higgins que se replegara con su ejército al norte del Maule.