Nació en Copiapó en 1838. Fue hijo de los argentinos Francisco San Román y Navarro, y Presentación San Román. Realizó sus estudios en el Colegio de Minería de su ciudad natal, siendo excelente alumno.
Ejerció su profesión de ingeniero en minas en la provincia de Copiapó. En esos años recorrió por primera vez los extensos territorios del Desierto de Atacama, cateando vetas con la secreta esperanza de alcanzar fortuna.
Posteriormente se radicó en Buenos Aires, y vivió allí hasta el día en que fue llamado por el gobierno chileno para integrar la Comisión Exploradora del Desierto de Atacama.
Luego de la Guerra del Pacífico, Chile integró a su territorio dos extensas regiones, por lo que decidió organizar una comisión para la investigación científica de las mismas.
En abril de 1883 el Presidente Santa María decretó el nombramiento de Francisco J. San Román, de 45 años de edad, como jefe de la comisión. Asimismo, se contrató al ingeniero geógrafo Alejandro Chadwick y al geólogo noruego Lorenzo Sundt. Además, integraron el grupo Ángel Lynch, teniente de marina, y Santiago Muñoz, en reemplazo de Chadwick en 1884.
Primera campaña de la comisión
Comenzó en Copiapó en junio de 1883, con un equipo de 5 técnicos, junto con arrieros y peones. Realizaron trabajos topográficos y coleccionaron minerales en Chañarcillo y los alrededores de Copiapó, desde donde a principios de agosto se internaron en el mismo Desierto de Atacama.
En agosto y septiembre siguieron la ruta del Camino del Inca por la precordillera de Los Andes, sufriendo las condiciones extremas del desierto. Desde el cerro de Incaguasi, iniciaron la exploración del valle central del desierto, y luego bajaron a la costa hacia el puerto de Taltal, reconociendo las oficinas salitreras de esta región.
Sigue recorriendo
La segunda campaña se realizó entre enero y mayo de1884. Los investigadores estudiaron las altas cumbres de la frontera con Argentina, para determinar científicamente el límite según el principio de divorcio de las aguas. En la tercera campaña, entre julio y septiembre de 1884, examinaron la zona costera del desierto entre Copiapó y Taltal.
En la cuarta campaña, entre enero y febrero de 1885, recorrieron la provincia de Copiapó de costa a cordillera. En la quinta campaña, entre abril y junio del mismo año, partieron desde Taltal hacia el interior hasta la Cordillera de Domeyko, y desde allí a los volcanes Lastarria, Llullaillaco y Chuculai. Continuaron por los oasis de Tilomonte, Toconao y San Pedro de Atacama hasta el río Loa.
La sexta, séptima y octava campañas, en 1885 y 1886, incluyeron trabajos menores en la misma provincia de Copiapó, el estudio de la geología de la costa hasta Tocopilla, y la Puna de Atacama. La última campaña fue entre abril y junio de 1887; recorrieron nuevamente La Puna en toda su extensión, desde Argentina hasta territorio chileno.
Pese a los problemas, continúa investigando
En 1887 la Comisión Exploradora del Desierto de Atacama fue disuelta y se refundió en la cuarta sección de Geografía y Minas de la Dirección de Obras Públicas. San Román continuó excursionando sin recursos, estudiando la hidrografía del desierto.
En 1888, problemas de presupuesto hicieron que las exploraciones disminuyeran. Aun así, en abril de ese año recorrió el valle central del desierto para examinar su topografía en la factibilidad de la construcción del ferrocarril longitudinal desde Copiapó hasta Tarapacá.
La carta topográfica del desierto y cordilleras de Atacama elaborada por él, fue publicada en 1890, convirtiéndose en el primer mapa sobre el desierto más árido del mundo.
Misión a Estados Unidos
En junio de 1891 el Presidente Balmaceda nombró a San Román delegado de Chile ante el V Congreso Internacional de Geología en Washington. Antes viajó a Europa, donde recibió reconocimientos por sus cartas topográficas.
Fue el único sudamericano en asistir a la reunión, que se inauguró en agosto de 1891. La revolución en Chile que derrocó a Balmaceda, le significó la destitución de su puesto en la Comisión Exploradora del Ministerio de Obras Públicas, por lo que el departamento de Geología del gobierno de Estados Unidos puso a su disposición una oficina, donde San Román pudo comenzar a escribir sus estudios científicos.
Su visión
De regreso en Chile, Francisco San Román intentó que se le restituyera su cargo, pero todo fue inútil. Entre 1892 y 1895 siguió escribiendo sus investigaciones, participando en exposiciones, y publicando estudios sobre la industria minera y metalúrgica de Chile y sobre los límites con Bolivia.
Entre 1896 y 1902 editó tres tomos con sus trabajos, bajo el título de Desierto y Cordilleras de Atacama, donde expresó: ?Avanzar en la árida y monótona llanura, fatigándose la mirada en el horizonte diáfano a través de un aire que parece hervir y estremecerse de calor; penetrar por interminables valles emparedados entre murallas de roca desnuda y superficie pulimentada, que refleja los rayos del sol y los concentra sobre la cabeza del viajero; rodear los desfiladeros ásperos de la montaña hasta alcanzar la altura de su más alta cúspide, desfalleciendo de cansancio y anhelando respiración, son, no obstante, mortificaciones que se compensan con el interés de lo desconocido que encierra aquella solemne naturaleza, y de esos inefables efectos de luz y colorido tan sólo propios de los áridos desiertos.?
Último trabajo
En 1898 el gobierno lo nombró ingeniero jefe de la comisión encargada del estudio del ferrocarril longitudinal que debería unir la zona central del país con Tarapacá. Fue su último gran trabajo, y él contribuyó con sus conocimientos topográficos de las actuales regiones de Coquimbo y Antofagasta.
Francisco San Román falleció en Santiago en 1902.