Anteriormente, los hermanos carrera participaron activamente junto con su hermano José Miguel por nuestra Independencia, en el período de la Patria Vieja que abarcó de 1810 a 1814, detentando gran poder político y militar. De hecho, Juan José ostentaba el grado de Sargento Mayor del Batallón de Granaderos de Chile, cuando su hermano llegó de España en 1811.
Luego, en 1813 Juan José fue designado Presidente de la Junta Representativa de la soberanía. Ese año y junto a Luis con sus tropas de artillería, se enfrentaron en el Combate de Yerbas Buenas y Sitio de Chillán. Juan José también combatió en San Carlos y Luis, por su parte, estuvo en la defensa de Talca.
Ese mismo año la Junta de Gobierno designó como General en Jefe del Ejército a Bernardo O’Higgins Riquelme, alarmada por el giro que estaban tomando los acontecimientos y convencida que los fracasos se debían a la impericia de los hermanos Carrera, por lo que decidió separar a todos ellos de sus cargos. Esta medida trajo como consecuencia el “odio” de los Carrera hacia O’Higgins.
En mayo de 1814 los realistas y patriotas llegaron a un entendimiento por medio del Tratado de Lircay. Pero José Miguel no estuvo de acuerdo y dio un nuevo Golpe de Estado, y derribó al Director Supremo Francisco de la Lastra y Sotta, lo que a su vez indignó a O’Higgins, por estimar que ponía en grave peligro la causa de la Patria.
Entonces O’Higgins se dirigió a Santiago para desconocer el Gobierno, y se enfrentó con las fuerzas de los Carrera en el Combate de las Tres Acequias, cerca de Nos el 26 de agosto de ese año. La lucha duró una hora, convirtiéndose esta batalla en una derrota para O’Higgins.
Cuando se preparaba a proseguir el enfrentamiento, al día siguiente, O’Higgins recibió la noticia del desembarco de nuevas tropas realistas al mando de Mariano Osorio que venía con instrucciones de no aceptar el Tratado. Frente a este hecho cambió de parecer, reconociendo el nuevo gobierno y se puso bajo las órdenes de Carrera.
Sólo pidió que se le diera el comando de la vanguardia del Ejército, dirigiéndose luego con sus tropas a Rancagua para contener las fuerzas de Osorio y tras él Juan José con su división. El 1 y 2 de octubre de 1814 se desarrolló la Batalla de Rancagua, donde O’Higgins concentró sus fuerzas en la plaza, esperando en vano el auxilio de Carrera, que se encontraba en las inmediaciones.
Los realistas triunfaron en la contienda provocando grandes pérdidas en las fuerzas patriotas, dando término al periodo llamado de la Patria Vieja. Entonces comenzó la emigración de los chilenos a Mendoza. El Gobernador Intendente de Cuyo era el General José de San Martín Matorras, quien a su vez estaba preparando un ejército para lograr la independencia en Sudamérica.
En esta ciudad comenzó la rivalidad entre los carreristas y los o’higginistas, debiendo intervenir San Martín para apaciguar los ánimos. Finalmente el Gobernador solicitó a los Carrera que abandonaran Mendoza. Entonces los hermanos se dirigieron a principios de noviembre a Buenos Aires.
En esta ciudad los Carrera pasaron años difíciles y de carencias económicas, pero siempre buscando el apoyo, para liberar a su Patria. José Miguel fue por ayuda a los Estados Unidos, mientras que Juan José, Luis y Javiera trabajaron en Buenos Aires.
Pero los hermanos Carrera tuvieron grandes problemas en la Capital, por los conflictos que causaban. Luis llegó a batirse a duelo con uno de los personajes más cercanos a O’Higgins, el irlandés Juan Mackenna, hombre que luchó a favor de nuestra independencia durante la Patria Vieja, quien resultó muerto en el lance. Luis Carrera fue encarcelado y acusado de homicidio, pero nada se pudo comprobar en su contra.
También en la casa de Javiera; Juan José y Luis planificaron la forma de desplazar a O’Higgins y a San Martín, mientras José Miguel se encontraba en Estados Unidos. Estos preparativos se finiquitaron cuando llegó el hermano ausente, conocidos como “La Conspiración de 1817”.
El ambicioso plan consistía en deponer al gobierno chileno y al mismo tiempo tomar preso a San Martín. En tanto, en Buenos Aires se armarían dos grupos de poder, uno al mando de Juan José y el otro de Luis. Una vez realizado el objetivo, los hermanos Carreras tendrían nuevamente el poder político. Pero la llegada de José Miguel a Buenos Aires coincidió con el triunfo del Ejército Libertador en Chacabuco, el 14 de febrero de 1817, y el posterior nombramiento de Director Supremo a O’Higgins.
El intento falló y los hermanos Carrera fueron arrestados. El 5 de agosto de 1817 apresaron a Luis y Juan José cayó quince días más tarde en la Posta de Barranquita, San Luis. Ambos fueron conducidos a Mendoza junto a otros comprometidos con la aventura, donde fueron sometidos a juicio y finalmente condenados a fusilamiento.
Javiera, desde Buenos Aires, usó todas sus influencias para salvarlos, incluso urdió un plan para liberarlos, en el cual comprometió a la esposa de Juan José, Ana María Cotapos. En una carta, le escribió las indicaciones:
«Pide permiso para visitar a tu marido en Mendoza, vente trayendo cuatro mil pesos para comprar por el precio que puedas un oficial de los guardias, que los porteños se compran como carneros, y hazlo jugar. Trae agua fuerte y sierras para cortar las chavetas de los grillos… Hazte, en este caso, más digna y más amable que lo eres. Imita a madame Lavalette…», pero Ana María fue descubierta y no logró una gestión favorable.
Desde Chile, O’Higgins y San Martín pidieron el sobreseimiento de los dos hermanos y la opinión pública miró estas gestiones con simpatía. Podría haber significado el término de las viejas disensiones partidistas, sin embargo, el 14 de abril la noticia funesta llegó a la ciudad de Santiago: Juan José y Luis Carrera habían sido ajusticiados en Mendoza.
