Nació el 26 de junio de 1782, en Santiago. Cursó sus primeros estudios en el Convictorio Carolino y posteriormente siguió la carrera militar.
En 1811, ya tenía el rango de sargento mayor del Regimiento Granaderos, el cual pronto pasó a dirigir. Participó en el golpe de Estado donde su hermano José Miguel asumió la presidencia de la Junta de Gobierno.
En 1813, luego de ser ascendido a brigadier, participó junto a su regimiento en las primeras acciones militares de la Independencia como fueron el combate de Yerbas Buenas (27 de abril) y el sitio de Chillán (8 de julio).
A comienzos de 1814 fue desterrado en Mendoza, por orden del entonces director supremo Francisco de la Lastra.
De vuelta en nuestro país, participó junto a su hermano José Miguel en un nuevo golpe (23 de julio de 1814), derrocando al director supremo.
A fines de septiembre, durante la última campaña de la Patria Vieja, Juan José asumió el mando de la Segunda División del ejército patriota. Al ser sobrepasado en el río Cachapoal por las fuerzas realistas, encabezadas por Mariano Osorio, se dirigió con su división a la ciudad de Rancagua, reuniéndose con O’Higgins y sus tropas.
Ambas unidades fueron acorraladas por Osorio y sus hombres, que eran numéricamente superiores. Ahí sucedió lo que se conoce como desastre de Rancagua (1 y 2 de octubre de 1814), y en ella Juan José Carrera y las tropas de O’Higgins lucharon contra un duro ataque de parte de los realistas, obligándolos a retirarse de la plaza cuando la derrota ya era evidente.
Luego de Rancagua, Juan José, sus hermanos y otros patriotas decidieron partir a Mendoza. Pero fueron encarcelados por orden de San Martín.
Una vez recuperada la libertad, se estableció en Buenos Aires (1817) junto a sus hermanos.
Ahí, Juan José y Luis comenzaron a conspirar para a volver a Chile y lograr apresar y destituir de su cargo a O’Higgins. En Chile contaban con el apoyo de sus partidarios.
En junio de 1817, los planes ya estaban avanzados, e incluso los Carrera y sus adherentes se habían repartido los puestos del futuro gobierno que se formaría.
En agosto de ese año, viajó a Chile como sirviente de un impresor, pero no alcanzó a cruzar la cordillera, ya que fue arrestado en la provincia de Cuyo (Argentina), el 20 de agosto de 1817. Luego fue trasladado a la cárcel en Mendoza, donde fue sometido a juicio y finalmente fusilado el 8 de abril de 1818.
Su hermano Luis
Nació en Santiago, en 1791, y al igual que sus hermanos, estudió en el Convictorio Carolino de Santiago y siguió una carrera militar. El 26 de agosto de 1814, venció a Bernardo O’Higgins en el combate de Tres Acequias, cuando el primero intentó marchar a Santiago para enfrentar a José Miguel. Luego, en el desastre de Rancagua dirigió la Tercera División del ejército
patriota y tras la derrota, decidió cruzar a Argentina, instalándose en Mendoza. En aquel lugar fue apresado por José de San Martín.
Una vez liberado, se fue a Buenos Aires, donde planeó con su hermano Juan José el modo de regresar clandestinamente a Chile. Sin embargo, fue detenido el 20 de agosto de 1817, en Mendoza, cuando intentaba cruzar la cordillera. Murió fusilado el 8 de abril de 1818, junto a su hermano Juan José.
