A pesar de que a finales de la década de los noventa el conflicto parecía haber llegado a una solución, la antigua Yugoslavia siguió siendo un polvorín, incluso bajo la vigilancia diplomática internacional apoyada por la intervención militar. La presencia de una fuerza multilateral de estabilización, creada a fines de 1996 y remodelada en 1998 con mando estadounidense, permitió un proceso de normalización, con celebración de elecciones e intentos de juzgar a criminales de guerra. Pero con el transcurso del tiempo, se descubrió que otra provincia de la antigua Yugoslavia estaba condenada a la guerra civil. En Kosovo, cuna histórica de Serbia, había sido donde, en junio de 1989, se había iniciado la confrontación interna. En 1998, casi una década después, el azote de la guerra volvió a estremecer la zona de los Balcanes, cuando esa provincia proclamó su independencia de la Federación Yugoslava, status no reconocido por la República de Serbia.
El Presidente Milosevic decidió acabar con los sueños de autonomía kosovar mediante el uso de la fuerza policial y militar. Desde ese momento, se multiplicaron las manifestaciones populares, severamente reprimidas por las fuerzas especiales enviadas desde Belgrado. Las masacres cometidas por comandos paramilitares serbios desataron la indignación de la comunidad internacional.
Tras los frustrados intentos de lograr acuerdos de paz sobre la provincia separatista de Kosovo, el 24 de marzo de 1999 la OTAN (Organización del Tratado del Atlántico Norte) dio la orden de bombardear Yugoslavia.
Las operaciones militares fueron autorizadas por el entonces secretario general de dicha alianza, el español Javier Solana, luego de que fracasaran las gestiones efectuadas en Belgrado por el enviado estadounidense Richard Holbrooke para resolver la crisis de los Balcanes.
Tras 78 días de campaña, el ejército y la policía serbia evacuaron la provincia de Kosovo, que quedó bajo la administración de Naciones Unidas y de una fuerza de mantenimiento de la paz integrada por efectivos de países miembros de la OTAN.
Pero las operaciones de la OTAN contra Yugoslavia provocaron exactamente lo que debían evitar: una terrible catástrofe humanitaria, producto de la «limpieza étnica»; miles de desplazados y miles de víctimas ajenas al conflicto armado. El balance final del conflicto registró un millón y medio de albaneses y 200 mil serbios que debieron salir de la provincia, así como cerca de diez mil muertos entre ambos pueblos, la mayoría de ellos civiles.
En octubre de 2000 se produjo la caída del Presidente Slobodan Milosevic, derrotado en las elecciones por el líder de la oposición, Vojislav Kostunica. Milosevic intentó desconocer los resultados de las elecciones, pero una multitud de gente se manifestó en su contra en las calles de Belgrado. El ejército apoyó las manifestaciones y el 6 de octubre Milosevic cedió el poder.
Una encuesta realizada en febrero de 2001 indicó que el 60% de la población quería que se presentara ante el Tribunal Penal Internacional para la antigua Yugoslavia, creado especialmente y que funcionaba en La Haya (Holanda), y respondiera por sus acciones. Sin embargo, no lo hizo de manera voluntaria. A finales de marzo de 2001 fue arrestado en Belgrado. Un mes después fue deportado a La Haya y en febrero de 2002 se convirtió en el primer ex jefe de Estado en ser juzgado por la justicia internacional, enfrentando 66 cargos de genocidio, crímenes de guerra y de lesa humanidad.
