Las fotografías fueron mostradas a Kennedy el 16 de octubre de 1962. Estados Unidos se encontró ante una inminente amenaza nuclear. Kennedy se enfrentó a un dilema: si los EE.UU. atacaba tales asentamientos, se podría ocasionar una guerra nuclear con la U.R.S.S. Pero si EE.UU. no se pronunciaba, tendría armas nucleares a pocos kilómetros de distancia del país y dado que los misiles se encontrarían a tan corta distancia del continente, las posibilidades de reacción se reducirían al mínimo. Este acontecimiento se denominó la crisis de los misiles.
A esto se añadía la preocupación acerca de la imagen débil que EE.UU. daba ante el mundo.
Muchos militares presionaron a Kennedy para que aprobara un ataque aéreo contra los emplazamientos cubanos de los misiles, pero el Presidente ordenó una cuarentena naval en la que la Armada estadounidense inspeccionaría a todos los barcos que llegaran a Cuba.
Inició conversaciones con los soviéticos para que retiraran todo el material de «defensa» que estaba instalando en Cuba. Si no lo hacían, la cuarentena ordenada por Kennedy duraría indefinidamente. Una semana después, él y el Primer ministro soviético Nikita Krushchev llegaron a un acuerdo. Jrushchov acordó que eliminaría los misiles sujetos a inspecciones de la ONU si los EE.UU. emitían una declaración pública diciendo que nunca invadirían Cuba. Después de esta crisis, la más cercana de la historia a una guerra nuclear, Kennedy comenzó a tener más cuidado en sus confrontaciones con la Unión Soviética.
