Nació en Copiapó, en 1811, en el seno de una humilde familia. Su padre, de oficio platero, fue Ramón Vallejo, y su madre, Petronila Borkoski Pérez. Contrajo matrimonio con su sobrina Zoila Vallejo Godoy y tuvo cinco hijos.
Siguió sus primeros estudios en el Liceo de La Serena. Su buen rendimiento lo hizo acreedor de una beca del gobierno, que le permitió trasladarse al Liceo Chile en Santiago, de propiedad del español José Joaquín de Mora.
Tras el cierre de ese establecimiento, ingresó al Instituto Nacional, a la edad de 19 años, donde siguió cursos de legislación. Sin embargo, no pudo continuarlos por dificultades económicas que lo obligaron a trabajar como dependiente en una tienda.
Con ocasión de ciertos negocios que lo llevaron a los tribunales en contra de su jefe, escribió un artículo, satirizándolo y poniéndolo en ridículo como el mandón provinciano. En esa ocasión ya firmó con el seudónimo de Jotabeche, iniciales de Juan Bautista Chenau, un francés que había conocido en Copiapó.
Al término del período presidencial de José Joaquín Prieto, Vallejo escribió punzantes artículos contra la figura de Manuel Bulnes, el futuro Presidente.
En el Instituto Nacional se había relacionado con Manuel Antonio Tocornal, hijo del ministro del Interior, y esta amistad le permitió acceder al nombramiento de secretario de la Intendencia de Maule. Ejerciendo este trabajo, Vallejo comenzó su carrera pública y literaria (1849).
Su carrera política empezó en 1849, cuando fue elegido diputado por Huasco. En 1852 fue reelegido diputado por Cauquenes, siendo nombrado ese mismo año encargado de Negocios de Chile en Bolivia, cargo que desempeñó hasta mayo de 1853.
Murió en 1858.
Miembro de la Universidad de Chile
En 1841 se trasladó a Copiapó -donde se iniciaba el período de auge en la minería de la plata-, instaló una oficina de abogado e inició la publicación de sus artículos en El Mercurio. Sus vínculos sociales le permitieron iniciar con éxito algunas inversiones en la minería. En 1845 fundó el diario El Copiapino, en el que difundió interesantes artículos costumbristas.
Sus méritos lo llevaron a la Universidad de Chile, donde fue nombrado miembro académico de la Facultad de Filosofía y Humanidades, actividad que desempeñó enforma paralela a la de regidor de la Municipalidad de Copiapó.
Fin de la noche cerebral
La figura y la pluma de José Joaquín Vallejo se hicieron definitivamente públicas con ocasión de la polémica entre Andrés Bello y Domingo Faustino Sarmiento, en torno al tema del clasicismo y el romanticismo en la literatura.
El 25 de julio de 1842 el escritor argentino Vicente Fidel López publicó en El Mercurio un artículo muy erudito sobre clasicismo y romanticismo, que fue ridiculizado por Jotabeche, secundado por Salvador Sanfuentes, discípulo de Bello, en el Semanario de Santiago. Sarmiento reaccionó y arremetió directamente contra Sanfuentes; a ellos se sumaría luego Antonio García Reyes. En fin, un intercambio de ideas que sacó polvo y animó a los lectores de la época, seguidores de una u otra corriente de opinión. Tal polémica habría terminado con la llamada noche cerebral -apagón cultural- que había comenzado en 1776 con la expulsión de los jesuitas.
Su figura, según Sarmiento
En sus Recuerdos de la Provincia, el mismo Sarmiento definió la figura de Jotabeche, de esta manera: «El rival más formidable que se alzó en la prensa fue Jotabeche… Tanto talento ostentaba en sus ataques, tan agudo era su chiste incisivo, que hubiera dado al traste con mi petulancia si él no hubiera flaquedao por el fondo de ideas generales, de que carecen sus artículos…».
En efecto, Vallejo no se caracterizó por defender ideales políticos. No era un filósofo ni un pensador, era un escritor costumbrista y un humorista, un grabador de su época, según Vicuña Mackenna, «… Jotabeche fue un escritor chileno, chilenísimo, ladino, criollo, malicioso, embelequero, copiapino y minero».
Sus artículos y escritos -Obras de J. J. Vallejo. Biblioteca de Escritores de Chile, publicados en 1911 con el prólogo de Alberto Edwards- no excenden las 567 páginas en total y aparecieron en los principales diarios y revistas de la época: El Mercurio, El Buzón, Guerra a la Tiranía, El Semanario de Santiago, El Progreso y La Revista de Valparaíso.
Orador y polemista
Vicuña Mackenna también hizo un retrato de Vallejo diputado, describiéndolo como un hombre de «voz ahuecada y desapacible, gesto impaciente, lengua incisiva y picante como caústico, levantado tupé sobre preñada frente, retorcido bigote en boca fina y osada: en una palabra, un coronel retirado con 30 años de servicios, descontentadizo y regañón, que gustaba cruzarse el frac azul sobre el pecho y que, cuando hablaba, lo que no era frecuente, solía terciarse la capa como un gladiador. Jotabeche, diputado, no hablaba, interrumpía».
Retirado de la escena pública debido a sus enfermedades, Jotabeche falleció el 27 de septiembre de 1858.
Día de la Radio en Chile