Como consecuencia de los bombardeos aliados, cerca de un millón de afganos huyó hacia los países limítrofes. Para suavizar en algo esta situación, durante la primera etapa de la ofensiva, junto a los misiles fueron arrojadas alrededor de 35.000 raciones de alimentos y medicinas, con la leyenda “Un regalo del pueblo americano” en inglés, francés y español.
La caída del régimen talibán, el 6 de diciembre de 2001, animó el regreso de más de 800.000 refugiados a Afganistán, de acuerdo con las cifras del Alto Comisionado de las Naciones Unidas para los Refugiados (Acnur). La mayor parte de ellos, casi 600.000, retornó desde Pakistán; el resto lo hizo desde Irán y Tayikistán.
El 22 de diciembre de 2001 se creó un nuevo gobierno de 30 miembros, representativo de las etnias del país, y que asumió sus funciones bajo la conducción del pashtún moderado Hamid Karzai, elegido por la Loya Jirga, la asamblea que agrupa a todos los clanes afganos.
Los dirigentes afganos también aceptaron que 5.000 soldados pertenecientes a una fuerza multinacional se quedaran en Kabul para vigilar el proceso de transición del país, cuya reconstrucción fue asumida por Europa. Mientras tanto, los primeros prisioneros talibanes eran conducidos a la base militar americana de Guantánamo en Cuba, donde las condiciones de extrema seguridad a las que han sido sometidos, han generado una serie de críticas de la comunidad internacional.
En el plano político, en noviembre de este año (2004), Karzai fue elegido como Presidente de Afganistán, en las primeras elecciones por sufragio universal que se realizaron en la historia de ese país.