A comienzos de la Edad Media, el creciente poderío territorial y económico de la Iglesia planteó el problema, heredado ya del último período del Imperio Romano, de la posición del poder religioso con respecto al poder político. Desde Pablo de Tarso, las tendencias igualitarias de las primitivas comunidades cristianas habían sido sustituidas por una concepción conservadora, en cuanto a la estructura social y política establecida.
Las teorías de Agustín de Hiponay sus discípulos (agustinismo político), proclamaban la necesidad de un Estado cristiano encargado de poner los medios para la salvación de la humanidad, y en el que el poder político, de naturaleza terrenal y corrupta, debería hallarse enteramente sometido a la autoridad religiosa representada por el Papa.
Tras un período de consolidación del poder temporal del papado y de independización de la Iglesia frente al Imperio Bizantino, Carlomagno adoptó una interpretación particular del agustinismo político, según la cual el nuevo emperador debía asumir todo el poder sobre la cristiandad (rex y sacerdos). De hecho, Carlomagno asumió la tarea evangelizadora de la Iglesiae intervino en los asuntos administrativos y jurídicos de esta, e incluso en las cuestiones referentes al dogma.
Durante los siglos siguientes, la Iglesia intentó recuperar su preponderancia política frente a los emperadores carolingios y germánicos.
La creciente feudalización de la organización eclesiástica (retribución de las funciones pastorales mediante la entrega de feudos), originó la reacción de importantes sectores de la Iglesia contra la secularización y pérdida de autonomía del papado y el alto clero. Comenzaba así la «querella de las investiduras», largo enfrentamiento que concluiría en 112 con el Concordato de Worms, solución de compromiso por medio de la cual la Iglesia conseguía la independencia deseada y el Pontífice consolidaba su poder sobre los obispados.
Aunque el conflicto entre los dos poderes -el civil y el religioso- se mantuvo a lo largo de toda la Edad Media (traslado de la sede pontificia de Roma a Avignon (Francia) y cisma de Occidente), el fin de la querella de las investiduras supuso el comienzo de una concepción teórica, defensora de la diferenciación entre la sociedad civil y la religiosa, que, unida al posterior desarrollo del naturalismo político y las monarquías autoritarias, terminarían debilitando el ideal unitario del Imperio cristiano.
El período más decadente de la Iglesia durante la Edad Media comenzó en 1309, cuando Felipe IV de Francia, decidido a terminar con el poder temporal del papado, impuso la elección de un Pontífice francés, Clemente V, y el establecimiento de su sede en Avignon. En 1378 se produjo el cisma de Occidente, como consecuencia de la elección simultánea de dos papas, uno en Roma y otro en Avignon. Tras un período de enfrentamientos y negociaciones, el concilio de Constanza (1417) puso fin a la crisis con la elección de un Pontífice apoyado por todos, Martín V.
Nace la Inquisición
Como consecuencia de la secularización y el enriquecimiento de la Iglesia, desde principios del siglo XII surgió una serie de herejías (cátaros, albigenses, valdenses) que abogaban por una vuelta a la pureza doctrinal y austeridad de los primeros cristianos.
Con el fin de combatir a los enemigos de la ortodoxia (conformidad con el dogma católico), el papado instauró en 1231 la Inquisición, tribunal especial destinado a perseguir y sofocar los focos de disidencia religiosa en toda Europa.
